当小股东不同意清算时，公司及相关方应首先依据公司章程和法律法规的规定，通过协商、股东会决议或司法途径来妥善处理这一分歧，确保清算程序的合法性和有效性。 以下是具体的处理策略和建议：
一、查看公司章程并尝试协商
公司章程审查：
- 公司章程是公司内部的“宪法”，对于清算的启动条件、表决程序等往往有明确规定。因此，第一步是仔细审查公司章程，看是否有关于清算的具体条款，特别是关于股东表决权比例和清算程序的规定。
协商沟通：
- 在审查公司章程后，如果发现清算条件已经满足或可以通过股东会决议达成，但小股东仍然不同意，那么应尝试与小股东进行协商。
- 协商时，可以充分说明清算的必要性、合理性以及对公司和全体股东的长远利益影响，同时倾听小股东的意见和诉求，尝试达成妥协方案。
二、依据法定比例强行通过股东会决议
- 如果公司章程没有明确规定或规定不明确，但符合法定比例（如代表三分之二以上表决权的股东）的股东同意清算，可以作出清算的股东会决议。
- 在此过程中，应确保所有股东都得到充分通知，并有平等的机会表达意见和投票。决议作出后，应形成书面文件，并由所有出席股东签字确认。
三、寻求司法途径
提起解散公司诉讼：
- 当协商和股东会决议均无法达成一致时，如果小股东持有公司全部股东表决权百分之十以上，且公司经营管理发生严重困难，继续存续会使股东利益受到重大损失，且无法通过其他途径解决，那么可以向人民法院提起解散公司的诉讼。
- 法院将审查公司是否符合解散条件，并作出相应判决。如果法院判决公司解散，那么将进入清算程序。
申请强制清算：
- 如果公司解散后未能自行成立清算组或清算过程存在违法拖延等行为，小股东可以根据《中华人民共和国公司法》及相关司法解释，向人民法院申请指定清算组进行清算。
- 在申请强制清算时，应提供充分的证据证明公司符合强制清算的条件，如公司财产状况、债权债务情况等。
四、强制清算程序中的配合义务与法律责任
- 在强制清算程序中，即使小股东不同意清算，也有义务配合清算组的工作，提供相关财务资料、文件等。
- 如果小股东拒绝履行配合义务，法院有权根据情节轻重对相关责任人予以罚款、拘留；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
- 不配合清算的小股东还可能会被认定为怠于履行清算义务，从而对公司债务承担连带清偿责任，并可能受到工商行政管理部门等相关部门的处罚，影响公司及股东的信用记录。
五、其他注意事项
书面催告：
- 在小股东不配合清算时，其他股东可先书面催告，明确催告期限（如15日至30日）。催告后仍不配合的，可申请法院指定清算组进行清算。
收集证据：
- 在处理过程中，应收集相关证据，如公司经营状况的证据、符合清算条件的证据等，以便在协商或诉讼过程中更好地维护自身权益。
示例说明：
假设某公司因经营不善陷入困境，大股东决定清算公司以减少损失，但小股东认为公司仍有转机不同意清算。此时，大股东可以首先审查公司章程，看是否有关于清算的具体规定。如果章程没有明确规定或规定不明确，大股东可以尝试与小股东进行协商，说明清算的必要性和合理性。如果协商无果，大股东可以召集股东会，争取三分之二以上股权的多数股东同意解散公司并清算。如果股东会决议也无法达成一致，且小股东持有公司全部股东表决权百分之十以上，那么大股东可以向人民法院提起解散公司的诉讼。在诉讼过程中，大股东应提供充分的证据证明公司符合解散条件。如果法院判决公司解散，那么大股东可以依据判决申请强制清算，并要求小股东配合清算工作。
总结与建议：
面对小股东不同意清算的情况，公司及相关方应保持冷静和理性，依据公司章程和法律法规的规定来妥善处理分歧。通过协商、股东会决议或司法途径等多种手段来解决问题，并确保所有操作符合法律法规的要求。在整个过程中，应注重证据的收集和保存，以便在协商或诉讼过程中更好地维护自身权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。