结论：商家仅退还未成年人九十天内游戏充值款项的行为，其合法性不能一概而论，需结合具体情况判断。

分析说明：

1. 从法律规定角度：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，八周岁以上的未成年人为限制民事行为能力人，实施民事法律行为由其法定代理人代理或者经其法定代理人同意、追认；但是，可以独立实施纯获利益的民事法律行为或者与其年龄、智力相适应的民事法律行为。
   • 如果未成年人充值游戏的行为未经其法定代理人（通常是父母）的同意或追认，且充值金额明显超出其年龄、智力所能理解的范围，那么该充值行为可能被视为无效或可撤销的民事法律行为。
   • 在这种情况下，商家应当退还全部充值款项，而不仅仅是九十天内的款项。因为法律并未规定退款的时间限制，而是基于充值行为的合法性和有效性来判断。

2. 从商家政策角度：

   • 商家可能出于自身经营考虑，制定了退款政策，包括退款的时间限制。然而，这种政策不能违反法律规定，也不能损害消费者的合法权益。
   • 如果商家的退款政策与法律规定相冲突，或者商家以政策为由拒绝退还全部充值款项，那么这种行为可能是不合法的。

3. 从实际操作角度：

   • 在实际操作中，如果家长发现未成年人未经允许充值游戏，应尽快与商家联系，说明情况并要求退款。
   • 商家在核实情况后，应当根据法律规定和实际情况，决定是否退还充值款项以及退还的金额。
   • 如果商家拒绝退还或只退还部分款项，家长可以通过法律途径维护自己的合法权益，如向消费者协会投诉、提起民事诉讼等。

特殊场景：

• 如果未成年人充值游戏的行为被其法定代理人追认，或者充值金额与其年龄、智力相适应，那么该充值行为可能是有效的。在这种情况下，商家可能无需退还充值款项。
• 另外，如果商家能够证明其已经尽到了合理的审查义务，比如通过身份验证、年龄验证等措施来防止未成年人充值，那么商家在退款问题上的责任可能会相对减轻。

行动建议：

• 作为家长，应加强对未成年人的监护和教育，引导他们正确使用网络和游戏，避免不必要的经济损失。
• 如果遇到商家拒绝退还充值款项的情况，家长应保留好相关证据（如充值记录、聊天记录等），并及时向商家或相关部门投诉、举报。
• 有问题可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供专业的法律建议和帮助。