结论：信用分逾期2天扣除的九十九元，有可能是违约金，但具体是否构成违约金以及是否合法合理，需结合信用卡合同的具体条款、相关法律法规以及逾期还款的具体情况来判断。

一、从信用卡合同条款角度分析

1. 违约金定义：

   • 违约金是合同双方约定的，在一方违约时，应向对方支付的一定数额的金钱。在信用卡合同中，通常会规定逾期还款的违约金条款。

2. 合同条款审查：

   • 您需要仔细审查信用卡合同中关于逾期还款违约金的条款，包括违约金的计算方式、支付条件等。
   • 如果合同中明确规定了逾期还款需支付违约金，且扣除的九十九元符合合同约定的计算方式，那么这笔费用很可能是违约金。

二、从法律法规角度分析

1. 相关法律法规：

   • 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，合同双方可以约定违约金，但违约金的数额应当合理，不得过分高于造成的损失。
   • 同时，金融机构在收取违约金时，应当遵循公平、诚信的原则，不得利用优势地位设置不合理的违约金条款。

2. 合法性审查：

   • 如果信用卡合同中约定的违约金条款符合法律法规的规定，且扣除的九十九元在合理范围内，那么这笔费用是合法的。
   • 如果违约金条款存在不合理之处，如违约金数额过高、计算方式不透明等，您有权向金融机构提出异议，并寻求法律途径解决。

三、从逾期还款具体情况角度分析

1. 逾期原因：

   • 如果您是因为非主观原因（如银行系统故障、网络问题等）导致的逾期还款，且能够提供相关证据，那么您可以与金融机构协商减免违约金。

2. 逾期次数与金额：

   • 如果您是首次逾期且逾期金额较小，金融机构可能会考虑减免部分或全部违约金。
   • 如果您多次逾期或逾期金额较大，金融机构可能会按照合同约定收取全额违约金。

四、建议与行动

1. 与金融机构沟通：

   • 首先，您可以与信用卡发卡行联系，了解扣除九十九元的具体原因和依据。
   • 如果您认为这笔费用不合理或存在争议，可以要求金融机构提供合同条款和相关法律法规的依据。

2. 寻求法律帮助：

   • 如果与金融机构沟通无果，或者您认为金融机构的行为侵犯了您的合法权益，您可以考虑寻求法律帮助。
   • 作为专业律师，我可以为您提供法律咨询和代理服务，帮助您维护自己的合法权益。

3. 注意保留证据：

   • 在处理此类纠纷时，注意保留好相关证据，如信用卡合同、逾期还款记录、与金融机构的沟通记录等。
   • 这些证据将有助于您在法律程序中证明自己的主张。