结论前置：信用卡协商的灵活还款到期后逾期，同行卡是否会被秒扣，主要取决于是否签订了自动还款协议以及银行是否行使抵销权。以下是对此问题的详细分析：
签订了自动还款协议的情况：
- 如果在办理信用卡时，您与银行签订了自动还款协议，并明确约定当信用卡到期还款时，银行可从指定的同行储蓄卡中划扣相应款项用于还款，那么在灵活还款到期后逾期，银行很可能会按照协议规定，直接从储蓄卡中扣除相应金额来偿还信用卡欠款。这种情况下，同行卡被扣款的可能性较大，但并非“秒扣”，而是银行在发现逾期后，按照协议流程进行划扣。
银行行使抵销权的情况：
- 根据相关法律规定，银行在一定情况下享有抵销权。当信用卡逾期且欠款长时间未还，满足相关条件时，银行可以不经持卡人同意，直接从持卡人在本行的储蓄卡账户中扣划款项用于偿还信用卡欠款。但银行行使抵销权通常会有严格的内部流程和条件限制，比如多次催收未果等较为严重的情况下才会采取此措施。因此，即使逾期，也不一定会立即被扣款，更不一定是“秒扣”。
未签订自动还款协议且银行未行使抵销权的情况：
- 如果没有签订自动还款协议，且银行尚未采取抵销权操作，那么通常情况下，同行储蓄卡不会被直接扣款。因为用户的储蓄存款受到法律保护，银行不能随意划扣用户储蓄卡内的资金，必须遵循严格的法律程序和规定来处理逾期欠款问题。
重要法律点及注意事项：
- 法律保护：用户的储蓄存款受法律保护，银行在处理逾期欠款问题时，必须遵守相关法律法规，不能侵犯持卡人的合法权益。
- 生活必需费用保留：即使银行有权划扣储蓄卡中的资金，也应保留持卡人及其所扶养家属的生活必需费用。这是法律对基本生活权益的保障。
- 法律责任：无论银行是否直接扣款，持卡人仍需承担信用卡逾期的法律责任，包括支付逾期利息、滞纳金等费用，并可能影响个人信用记录。
- 积极沟通：建议您尽快与银行联系，了解具体的还款方式和逾期后的处理流程。通过积极沟通并制定合理的还款计划，有助于减轻经济负担并避免进一步的法律后果。
建议行动：
- 如果您担心同行卡被扣款，可以主动联系银行，了解是否签订了自动还款协议以及银行的相关政策。
- 如果已经逾期，应尽快与银行协商还款计划，避免逾期时间过长导致更严重的法律后果。
- 保留好所有与银行的沟通记录，以备不时之需。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。