结论：是否起诉京东，需根据您与京东自营商家之间的具体纠纷性质及合同约定来判断，不能一概而论。以下是详细分析：

1. 合同纠纷角度：

   • 如果您与京东自营商家之间的纠纷属于合同纠纷，比如商品质量问题、未按时发货等，且合同中有明确约定争议解决方式（如约定向京东所在地法院起诉），那么理论上您应按照合同约定来起诉。但通常情况下，网络购物合同纠纷的管辖法院可以是被告住所地（即京东运营主体所在地，如北京市大兴区人民法院）或合同履行地（买受人住所地或收货地）。因此，若您选择起诉商家，且商家为京东自营，实际上可能需起诉京东的运营主体，但具体还需看合同约定及实际情况。
   • 若合同中没有特别约定，您也可以根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》，选择向您所在地或收货地的基层人民法院起诉，前提是该纠纷属于合同纠纷范畴。

2. 侵权纠纷角度：

   • 如果您认为京东自营商家存在侵权行为，如销售假冒伪劣商品、侵犯您的知识产权等，那么您可以根据侵权纠纷的管辖原则来起诉。侵权纠纷的管辖法院包括侵权行为地（包括侵权行为实施地、结果发生地）或被告住所地人民法院。
   • 在这种情况下，若您认为京东作为平台方也需承担责任，或者商家信息难以获取，您可以直接起诉京东，但需确保有充分证据证明京东存在过错或应承担连带责任。侵权行为地若在您所在地，您也可以向您所在地的中级人民法院或指定的基层法院起诉。

3. 实际操作建议：

   • 收集证据：无论选择起诉商家还是京东，都需保留好订单截图、聊天记录、商品实物等证据，以证明您的主张。
   • 确认被告信息：通过京东官网或相关渠道查询运营主体的准确名称和注册地址，确保起诉对象准确无误。
   • 提交起诉材料：向选定法院的立案庭递交民事起诉状及相关证据，按照法院要求填写相关表格和提供材料。
   • 遵循法院指引：在诉讼过程中，遵循法院的指引和要求，配合法院完成各项诉讼程序。

特殊情况说明：

• 如果京东自营商家实际上是一个独立的法人实体，与京东只是合作关系，那么您可能需要直接起诉该商家，而非京东。但这种情况相对较少，且需具体分析合同关系和实际情况。
• 部分案件可能因标的额较大或涉及复杂法律问题，需由中级人民法院管辖。具体以当地司法实践为准，您可以在起诉前咨询当地法院或我（何虎律师）以获取更准确的信息。

后续行动建议：

• 在决定起诉前，建议您先尝试与京东客服或商家协商解决纠纷，以节省时间和成本。
• 如果协商无果，且您确定要起诉，那么请按照上述建议准备相关材料和证据，并选择合适的法院进行起诉。
• 在诉讼过程中，如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我（何虎律师）咨询。