结论：法院执行冻结分公司负责人基本账户，若该账户内有农民工工资，这一行为是否合法需分情况讨论，主要依据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，同时需考虑农民工工资的特殊保护规定。

分析：

1. 法院冻结账户的法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，法院在执行过程中有权对被执行人的财产采取冻结、划拨等强制措施。分公司作为被执行人时，其负责人名下的账户若被认定为分公司财产或与分公司财产混同，则可能被法院冻结。

2. 农民工工资的特殊保护：

   • 农民工工资具有特殊保护地位，根据《保障农民工工资支付条例》等相关规定，农民工工资应当优先支付，且不得因其他债务纠纷而被冻结或划拨。若分公司负责人基本账户内的资金明确为农民工工资，且能够提供充分证据证明，则法院在冻结时应予以考虑，避免损害农民工的合法权益。

3. 账户冻结的合法性判断：

   • 若账户内资金非农民工工资：若分公司负责人基本账户内的资金并非农民工工资，或无法证明为农民工工资，则法院冻结该账户的行为是合法的，因为这是法院执行程序中的常规措施。
   • 若账户内资金为农民工工资：若能够证明分公司负责人基本账户内的资金为农民工工资，且该工资尚未支付给农民工，则法院在冻结时应遵循农民工工资优先支付的原则。在此情况下，若法院仍冻结该账户，可能构成对农民工合法权益的侵害，分公司或农民工本人有权提出执行异议或申请复议。

4. 法律建议：

   • 分公司方面：若分公司认为法院冻结的账户内包含农民工工资，应及时向法院提出执行异议，并提供相关证据证明账户内资金的性质。同时，分公司应积极与农民工沟通，确保工资能够按时支付，避免引发社会不稳定因素。
   • 农民工方面：若农民工发现自己的工资账户被冻结，且该账户内的资金确实为工资，应及时向法院提出申请，要求解除冻结并优先支付工资。同时，农民工也可以寻求法律援助或向劳动监察部门投诉，以维护自己的合法权益。

后续行动建议：

• 若您或您所在的分公司遇到此类情况，建议立即收集相关证据，如工资发放记录、账户流水等，以证明账户内资金的性质。
• 及时与执行法院沟通，提出执行异议或申请复议，确保农民工工资能够得到优先支付。
• 如有需要，可以向我进一步咨询，我将根据您的具体情况提供更详细的法律建议。