可以对双方的相互转款进行清算，但需根据具体情况确定清算方式及法律效果，具体分析如下：

1. 清算的法律依据与性质认定
   若双方存在合同关系（如借款、合作、买卖等），相互转款可能涉及合同履行、债务抵销或不当得利返还等问题。根据《民法典》第五百六十八条，当事人互负债务且标的物种类、品质相同的，任何一方可主张抵销。若转款性质明确（如借款、货款），可直接通过抵销或结算完成清算；若性质存疑（如赠与、投资款），需结合证据（如聊天记录、合同）认定法律关系后处理。

2. 清算的实践路径

   • 协商清算：双方可自行核对转账记录，签署清算协议明确债权债务金额及履行方式（如多退少补）。此方式成本低、效率高，但需确保协议内容合法（如无胁迫、显失公平）。
     
   • 诉讼/仲裁清算：若协商不成，可向法院起诉或申请仲裁，要求对方返还多收款项或履行剩余债务。诉讼中需提供转账凭证、沟通记录等证据，法院将根据法律关系及证据规则判决清算结果。
     
   • 破产清算（特殊情形）：若一方进入破产程序，管理人将依据《企业破产法》对所有债权债务统一清算，此时相互转款可能被纳入破产财产分配或抵销范围。

3. 关键风险点

   • 证据完整性：转账记录需显示对方账号、金额、时间，若缺乏备注（如“借款”），可能被认定为赠与或无偿支付，增加举证难度。
     
   • 诉讼时效：若转款涉及债权请求权，需在知道权利受损之日起3年内起诉，逾期可能丧失胜诉权。
     
   • 税务合规：大额转款可能被税务机关关注，若涉及收入未申报，可能面临补税及罚款风险。

建议：若需清算，首先整理所有转账记录并标注性质，其次与对方协商签署书面协议，最后保留证据原件。若争议复杂或金额较大，可直接向我咨询具体方案。