招标代理机构替投标人制作标书属于违法行为，将面临行政处罚，情节严重的可能涉及刑事责任。具体分析如下：

1. 行政处罚层面
   根据《中华人民共和国招标投标法》第五十条及《中华人民共和国招标投标法实施条例》第六十五条，招标代理机构若存在“与招标人、投标人串通损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益”的行为，行政监督部门将责令改正，并处以10万元以上25万元以下罚款；对直接负责的主管人员和其他责任人员处单位罚款数额5%以上10%以下罚款；有违法所得的，没收违法所得。
   若该行为被认定为“弄虚作假、谋取中标”，还可能依据《招标投标法》第五十四条，对中标结果无效处理，并处中标项目金额5‰以上10‰以下罚款。

2. 刑事责任层面
   若招标代理机构与投标人通过制作标书实施串通投标，且情节严重（如损害国家利益、造成重大经济损失），可能构成《刑法》第二百二十三条规定的串通投标罪，对单位判处罚金，对直接责任人员处三年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。

3. 实务中的关键认定点

   • 主观故意：需证明招标代理机构与投标人存在共同谋取不正当利益的故意。
     
   • 行为表现：如标书内容高度一致、制作时间异常、代理机构直接参与投标文件编制等。
     
   • 后果影响：是否导致招标程序流于形式、损害其他投标人权益或国家利益。

建议：若您涉及此类纠纷，需立即固定证据（如标书制作记录、沟通记录等），并向行政监督部门（如发改委、住建部门）举报或通过民事诉讼主张权利。具体操作可进一步向我咨询，我将结合证据细节提供针对性方案。