针对您提出的“企业注销后发现档案违法行为怎么处理”的问题，这是一个涉及法律责任与档案处理的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律责任不会因企业注销而消失
首先，需要明确的是，企业注销并不意味着其法律责任的终结。如果企业在运营期间存在档案违法行为，即便企业已经注销，相关责任人和主体仍需根据违法行为的性质承担相应的民事责任、行政责任或刑事责任。
二、档案违法行为的性质与责任
民事责任：
- 如果企业在注销前已依法进行清算，并清偿了所有已知债务，但注销后发现档案违法行为（如虚假财务报告、隐匿或销毁会计档案等）给债权人或其他利益相关者造成损失，股东可能需以其在公司剩余财产分配中所取得的财产为限承担清偿责任。
- 若企业清算时未依法履行通知和公告义务，导致债权人未能及时申报债权，清算义务人（如股东、董事等）需对债权人承担赔偿责任。
行政责任：
- 行政机关有权对企业存续期间的档案违法行为进行调查和处罚，即使企业已注销。行政机关可依法对公司及相关责任人作出行政处罚决定，如罚款、吊销许可证等。
- 责任追究对象包括法定代表人、直接负责的主管人员和其他直接责任人员。
刑事责任：
- 如果企业档案违法行为构成犯罪（如财务造假、隐匿或故意销毁会计凭证、会计账簿、财务会计报告等），司法机关将追究相关责任人的刑事责任。
- 单位犯罪时，除对单位判处罚金外，还会对直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。
三、发现档案违法行为后的处理措施
立即整改：
- 一旦发现档案违法行为，应立即采取措施进行整改，如恢复被销毁的档案、修正虚假的财务报告等。
主动报告：
- 向相关部门（如工商行政管理部门、税务部门、档案管理部门等）主动报告违法行为，并配合调查。
寻求法律帮助：
- 咨询专业律师或相关机构，了解具体的法律责任和可能的法律后果，以及如何采取有效措施减轻或避免法律责任。
配合调查与处罚：
- 如果行政机关或司法机关介入调查，应积极配合，提供必要的证据和信息。
四、预防档案违法行为的建议
建立健全的档案管理制度：
- 确保会计档案的完整性和安全性，防止信息泄露或被不当使用。
加强合规培训：
- 对企业员工进行合规培训，提高其对档案法律法规的认识和遵守意识。
定期审计与检查：
- 定期对企业档案进行审计和检查，及时发现并纠正潜在的违法行为。
综上所述，企业注销后发现档案违法行为是一个严肃的问题，需要相关责任人和主体积极面对并采取有效措施进行处理。如有任何疑问或不确定之处，建议立即咨询专业律师或相关机构以获取准确的法律指导和帮助。