结论：在房屋按揭款未付完且离婚协议已签订的情况下，起诉到法院后，法院是否可以直接判决协助办理过户，需视具体情况而定，不能一概而论。
分析说明：
离婚协议的效力：
- 离婚协议是双方真实意思的表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的，该协议自双方办理离婚登记手续后即具有法律效力。
- 若离婚协议中明确约定了房屋的归属及过户事宜，且该约定合法有效，那么双方应按照协议履行。
房屋按揭款未付完的影响：
- 在房屋按揭款未付完的情况下，房屋可能仍处于抵押状态。根据相关法律规定，抵押期间，抵押人未经抵押权人同意，不得转让抵押财产，但受让人代为清偿债务消灭抵押权的除外。
- 因此，若房屋存在按揭贷款未清偿，且未取得抵押权人（通常是银行）的同意，直接办理过户可能存在法律障碍。
法院判决的可能性：
- 若抵押权人同意过户：在取得抵押权人同意的情况下，法院可以根据离婚协议的约定，判决协助办理过户手续。
- 若抵押权人不同意过户：在抵押权人不同意过户的情况下，法院通常不会直接判决过户，因为这可能损害抵押权人的利益。此时，双方可能需要先协商解决按揭贷款问题，如提前还款、转按揭等，或者通过其他方式满足抵押权人的条件后，再申请过户。
- 特殊情况：如果离婚协议中明确约定了由一方承担全部按揭贷款，且该方有能力并愿意提前清偿贷款以消除抵押权，或者双方能够找到其他方式确保抵押权人的利益不受损害，法院也可能在综合考虑后判决协助过户。
行动建议：
- 协商解决：首先，建议双方尝试通过协商解决按揭贷款和过户问题。可以协商由一方提前清偿贷款，或者通过转按揭等方式将贷款转移至一方名下，以消除抵押权障碍。
- 寻求抵押权人同意：如果协商不成，可以尝试与抵押权人沟通，寻求其同意过户。可能需要提供额外的担保或承诺，以确保抵押权人的利益不受损害。
- 起诉至法院：若协商和沟通均无果，且双方坚持要求过户，可以向法院提起诉讼。在诉讼过程中，应充分准备证据，证明离婚协议的合法性和有效性，以及过户的合理性和必要性。法院将根据具体情况作出判决。
法律后果：
- 若法院判决协助过户，双方应履行判决义务，协助办理过户手续。否则，可能面临强制执行等法律后果。
- 若法院未判决过户，双方应继续协商或寻求其他合法途径解决过户问题。强行过户可能构成违法行为，需承担相应的法律责任。
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