若医院出具的证明书中将工伤写成了疾病，您可以按照以下步骤处理：

1. 核实医院证明书的准确性：

   • 首先，仔细审查医院出具的证明书，确认其中关于“疾病”的描述是否确实与您的实际工伤情况不符。
   • 如果发现错误或不明确之处，及时与医院沟通，要求医院进行更正或出具补充说明，明确您的伤情属于工伤范畴。

2. 收集相关证据：

   • 收集与工伤相关的所有医疗记录、诊断报告、治疗记录等，这些证据将有助于证明您的伤情确实是由工作原因造成的。
   • 如果可能的话，还可以收集同事的证言、工作记录等，以进一步证明工伤的事实。

3. 向用人单位报告并申请工伤认定：

   • 将医院证明书及相关证据提交给用人单位，并按照用人单位的要求填写工伤认定申请表。
   • 用人单位在收到申请后，会按照相关规定向社会保险行政部门提出工伤认定申请。

4. 如果用人单位未提出申请，您可以直接申请：

   • 如果用人单位在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内未提出工伤认定申请，您或者您的近亲属、工会组织可以在此期限后1年内，直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。

5. 在申请工伤认定时，强调医院证明书的错误：

   • 在提交工伤认定申请时，明确指出医院证明书中将工伤写成了疾病，并提供相关证据以支持您的主张。
   • 社会保险行政部门在受理申请后，会进行调查核实，并根据调查结果作出工伤认定决定。

6. 寻求法律援助或咨询：

   • 如果在处理过程中遇到困难或疑问，可以寻求法律援助或咨询专业律师（即向我咨询），以获取更具体的法律建议和帮助。