在代驾服务中，如果代驾司机驾驶机动车发生违章行为，其处罚及责任归属需依据具体情况来细致分析。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律依据与责任划分
一般原则：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》，交通违章行为的责任主体是实际实施违章行为的驾驶人。因此，在代驾服务中，代驾司机原则上应承担违章责任。
代驾公司承担责任的情况：
- 职务行为：若代驾司机在执行代驾公司任务时违章，且该行为属于履行职务的合理范围，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，用人单位（即代驾公司）需承担侵权责任。但代驾公司承担责任后，有权向有故意或重大过失的司机进行追偿。
- 管理过错：若代驾公司在选拔、培训、监督代驾司机方面存在疏漏，导致司机违章，公司也需承担相应的管理责任。
客户承担责任的情况：
- 若客户指示或强迫代驾司机违章，根据《中华人民共和国民法典》关于共同侵权的规定，客户需承担主要责任。
二、具体处理流程
确认违章情况：
- 车主在收到违章通知后，应首先通过交通管理部门的官方渠道确认违章的具体时间、地点及违法行为，以判断该违章是否发生在代驾期间。
与代驾司机协商：
- 若违章确由代驾司机造成，车主应首先与司机进行协商，要求其承担相应的扣分和罚款。双方可以签订书面协议，明确各自的责任和义务。
向代驾公司投诉：
- 若代驾司机拒绝承担责任或无法联系，车主应向代驾公司进行投诉，并提供订单信息、违章查询结果等相关证据。代驾公司会进行调查处理，并要求司机承担相应的法律责任。
法律追偿：
- 若因代驾司机违章导致车主遭受经济损失，车主有权通过法律途径向司机或代驾公司进行追偿。若能证明车主无过错而司机有故意或重大过失，车主还可以向相关平台进行追偿。
三、预防措施与建议
选择正规代驾公司或平台：
- 车主在选择代驾服务时，应选择具有合法资质、信誉良好的代驾公司或平台，以降低风险。
明确责任划分并签订协议：
- 在代驾服务开始前，车主应与代驾司机或公司明确责任划分，并签订书面协议，以保障双方的权益。
保留好相关证据：
- 车主应保留好行车记录仪视频、代驾协议等相关证据，以便在发生纠纷时能够提供有力的支持。
实例分析
- 案例一：代驾司机在执行公司任务时闯红灯，根据职务行为原则，代驾公司需承担侵权责任，但公司有权向有故意或重大过失的司机进行追偿。
- 案例二：客户为赶时间强迫代驾司机超速行驶，被交警查处，根据共同侵权规定，客户需承担主要责任。
- 案例三：代驾公司未严格审核司机资质，导致司机频繁违章，公司需承担管理责任。
综上所述，代驾司机驾驶机动车违章的处罚及责任归属需综合考虑多种因素。车主在遇到此类问题时，应明确责任主体，并通过协商、投诉、法律追偿等方式来解决问题。同时，车主也应采取预防措施以降低风险。