企业辞退怀孕三个月的员工，属于违法解除劳动合同的情形，需要承担相应的法律责任，具体赔偿方式如下：

一、经济赔偿金

根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十八条、第八十七条的规定，用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同，若劳动者不要求继续履行劳动合同或者劳动合同已经不能继续履行的，用人单位必须向劳动者支付赔偿金。赔偿金的计算方式如下：

1. 赔偿标准：按经济补偿标准的二倍支付。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准计算。具体为：

   • 工作满一年的，支付两个月工资的赔偿金；
   • 六个月以上不满一年的，按一年计算，即支付两个月工资的赔偿金；
   • 不满六个月的，支付一个月工资的赔偿金。

2. 月工资的计算：这里所指的“月工资”是劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。若劳动者的月工资高于所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，赔偿金的计算基数应按职工月平均工资三倍的数额确定，且向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。

示例：一位怀孕员工在公司工作了3年零4个月，其前十二个月平均工资为5000元，若公司违法将其辞退且员工不要求继续履行合同，则公司应支付的赔偿金为：\(3.5（工作年限）\\times5000（月工资）\\times2=35000元\)。

二、孕期、产期、哺乳期工资损失

除了上述经济赔偿金外，员工还可以主张公司赔偿因违法解除劳动合同导致的孕期、产期和哺乳期的工资损失。这一诉求的支持情况因各地司法实践而异，但一般来说，如果员工能够提供充分证据证明因公司违法解除劳动合同导致自己无法正常享受生育待遇、收入减少等损失，法院可能会支持员工关于这“三期”工资损失的诉求。

三、其他可能的赔偿

1. 社会保险和福利待遇：公司应补缴辞退期间的社会保险费用，并支付应享受而未享受的福利待遇。
2. 生育津贴和医疗费用：若女职工未享受生育保险待遇，用人单位需按规定支付生育津贴和医疗费用。

四、维权途径

当遇到公司违法解除劳动合同的情况时，员工可以采取以下措施维护自己的合法权益：

1. 协商解决：首先尝试与公司进行协商，寻求合理的赔偿方案。
2. 劳动监察投诉：若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
3. 劳动仲裁申请：若劳动监察部门未能解决问题，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过仲裁程序来维护自己的权益。
4. 提起诉讼：对仲裁结果不服的，员工还可以向人民法院提起诉讼，通过司法程序来追求公正。

总结来说，企业在员工怀孕期间直接辞退员工是违法的，必须承担相应的赔偿责任。员工应了解自己的合法权益，并通过合法途径来维护自己的利益。如果你或你身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。