针对您提出的“农业设施农业用地占用基本农田怎么办”的问题，这是一个涉及法律法规和土地管理的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、基本农田的保护原则
基本农田是受到国家特殊保护的耕地，其主要用于粮食生产，确保国家的粮食安全。根据相关法律法规，如《基本农田保护条例》和《中华人民共和国土地管理法》，基本农田原则上不允许用于非农业用途，包括农业设施建设。
二、农业设施用地占用基本农田的合法性分析
一般情况：
- 农业设施用地，如畜禽养殖、水产养殖、工厂化作物栽培等设施建设，一般不允许占用基本农田。这是由我国相关法律法规明确规定的，旨在保护基本农田的耕地质量和生产能力。
特殊情况：
- 在某些特定情况下，如规模化粮食生产涉及的配套设施建设，如果符合相关规划和条件，并经过法定审批程序，可能允许在基本农田上建设一些直接服务于粮食生产的必要设施。但这种情况下的审批程序非常严格，不是随意可以占用的。
三、若已占用基本农田进行农业设施建设，应如何处理
立即停止违法行为：
- 如果未经批准擅自占用了基本农田进行农业设施建设，应立即停止违法行为，避免进一步扩大损失和法律风险。
咨询相关部门并补办手续：
- 尽快咨询当地的自然资源主管部门或农业农村部门，了解具体的政策要求和补办手续流程。如果项目具有一定的合理性和必要性，且符合当地发展规划，可以尝试申请补办相关手续，使项目合法化。
接受处罚并恢复土地原状：
- 如果无法补办手续或不符合审批条件，应接受相关部门的处罚，并按照要求拆除违法建设的设施，恢复土地原状。这是遵守法律法规和保护基本农田的必要措施。
四、预防措施与建议
提前了解政策：
- 在计划进行农业设施建设前，务必提前了解当地的土地利用规划和政策要求，确保项目符合法律法规和规划要求。
办理审批手续：
- 如果项目需要占用土地，应按照规定的程序办理审批手续，确保项目的合法性和合规性。
加强法律法规宣传和教育：
- 提高公众对基本农田保护的认识和意识，共同维护国家的粮食安全和国家利益。
五、总结
农业设施用地一般不允许占用基本农田，这是由我国法律法规明确规定的。如果已经占用了基本农田进行农业设施建设，应立即停止违法行为，咨询相关部门并补办手续（如果可能），或者接受处罚并恢复土地原状。同时，建议在未来进行农业设施建设时，提前了解政策、办理审批手续，并加强法律法规的宣传和教育。希望这些解答能对您有所帮助。