在合同中明确以补充协议为最终协议，通常需要在补充协议中设置明确的条款来表明其优先性和最终性。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、合同条款的设置
明确条款内容：
- 在补充协议中，应明确写明“本补充协议构成双方就相关事项达成的最终协议，并取代之前双方就此事项所签订的所有协议、谅解和通信”。这样的条款能够清晰地表明补充协议的优先性和最终性。
引用原合同条款：
- 如果补充协议是对原合同的修改或补充，可以在补充协议中引用原合同的相关条款，并明确说明哪些条款被修改、哪些条款被保留，以及哪些条款被补充协议所取代。
二、法律效力的确认
合同法的适用：
- 根据《中华人民共和国民法典》中关于合同的规定，合同是双方意思表示一致的协议，具有法律约束力。当双方在补充协议中明确约定以补充协议为最终协议时，该约定对双方均具有法律约束力。
优先性的确认：
- 在合同履行过程中，如果原合同与补充协议之间存在冲突或不一致之处，根据合同法的原则，通常应以最后签订的协议为准。因此，在补充协议中明确约定其优先性，有助于在发生争议时确定合同的适用条款。
三、实际操作中的注意事项
双方协商一致：
- 补充协议的签订必须基于双方协商一致的原则。任何一方不得单方面强制要求对方接受补充协议的内容。因此，在签订补充协议前，双方应充分沟通、协商，确保补充协议的内容符合双方的共同意愿。
书面形式：
- 根据合同法的规定，合同应当采用书面形式。因此，补充协议也应当以书面形式签订，并由双方签字或盖章确认。这有助于确保补充协议的法律效力和可执行性。
保留证据：
- 在签订补充协议时，双方应保留好相关的证据材料，如协商记录、邮件往来、会议纪要等。这些证据材料在发生争议时可能起到关键作用，有助于证明双方的真实意思表示和补充协议的签订过程。
四、可能面临的法律后果
争议解决：
- 如果双方在补充协议的履行过程中发生争议，且无法通过协商解决时，可以依据补充协议中的争议解决条款（如仲裁条款或诉讼条款）来寻求法律救济。在争议解决过程中，补充协议的优先性和最终性将成为重要的法律依据。
违约责任：
- 如果一方违反补充协议的约定，应承担相应的违约责任。违约责任的具体形式和范围应根据补充协议的约定和合同法的规定来确定。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份原合同，约定了某项服务的提供和费用支付等事项。后来，由于市场变化或双方需求的变化，双方决定对原合同进行修改和补充。于是，甲乙双方签订了一份补充协议，明确写明了“本补充协议构成双方就相关事项达成的最终协议，并取代之前双方就此事项所签订的所有协议、谅解和通信”。这样，在补充协议签订后，如果双方在履行过程中发生争议或不一致之处，就应以补充协议为准。
总结与建议：在合同中明确以补充协议为最终协议时，应确保补充协议的内容明确、具体、合法，并符合双方的共同意愿。同时，双方应保留好相关的证据材料，以备不时之需。如果你在合同签订或履行过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询。