结论：骑摩托车互撞逃逸后双方协调好了，是否会有案底取决于具体情节和法律后果，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 逃逸行为的法律性质：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，发生交通事故后逃逸的，如果尚未构成犯罪，公安机关交通管理部门可以对其处以罚款、拘留等行政处罚。这种情况下，虽然会有违法记录，但通常不称为“案底”（在刑事法律语境中，“案底”一般指犯罪记录）。
   • 如果逃逸行为构成犯罪，如交通肇事罪，那么根据《中华人民共和国刑法》的规定，将会受到刑事处罚，并留下犯罪记录，即通常所说的“案底”。

2. 双方协调好的影响：

   • 双方协调好，即双方就事故赔偿等事宜达成一致，并可能签订了和解协议。这在一定程度上可以表明双方对事故的处理态度积极，愿意通过协商解决问题。
   • 然而，双方协调好并不意味着逃逸行为本身的法律性质发生了改变。如果逃逸行为本身已经构成犯罪，那么即使双方协调好，也不能免除刑事责任。

3. 具体情节对法律后果的影响：

   • 如果逃逸行为情节轻微，如未造成严重后果，且逃逸者事后主动投案、积极赔偿等，可能根据具体情况从轻或减轻处罚，甚至可能不构成犯罪。
   • 如果逃逸行为情节严重，如造成人员伤亡或重大财产损失，且逃逸者事后未主动投案、未积极赔偿等，那么将可能面临更严厉的刑事处罚，并留下犯罪记录。

4. 建议：

   • 对于逃逸者而言，无论事故后果如何，都应主动投案、积极配合调查，并尽力赔偿受害者损失。这有助于减轻法律责任，并可能避免留下犯罪记录。
   • 对于受害者而言，如果与逃逸者达成和解协议，应确保协议内容合法、有效，并保留好相关证据。同时，也可以考虑向公安机关报案，以便公安机关依法处理逃逸行为。

进一步思考：在处理此类交通事故时，双方应尽可能保持冷静、理性，通过合法途径解决问题。逃逸行为不仅可能加重法律责任，还可能对受害者造成更大的伤害。因此，建议双方在事故发生后及时报警、配合调查，并尽力协商解决赔偿等事宜。如果有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。