结论：等红绿灯时红灯已经结束但灯没变，这种情况下是否扣分，主要取决于车辆是否已经越过停止线以及后续的行驶情况。

详细分析：

1. 车辆未越过停止线：

   • 如果红灯结束但信号灯未及时变换，而车辆仍然停在停止线以内，没有继续行驶，那么这种情况不会被认定为闯红灯，也不会被扣分。因为闯红灯的认定通常需要满足车辆驶过停止线、继续行驶到路中间、到达对面路口的过程，而在此情况下，车辆并未完成这些动作。

2. 车辆已越过停止线但及时停车：

   • 如果红灯结束前车辆已经部分或全部越过了停止线，但之后及时停车，没有继续向前行驶通过路口，这种情况一般会被认定为越线停车。根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》的相关规定，驾驶机动车行经交叉路口不按规定行车或者停车的，一次记1分。不过，由于红灯已经结束，且车辆并未继续行驶，交警在处理时可能会根据实际情况酌情考虑。

3. 车辆越过停止线后继续行驶：

   • 如果红灯结束前车辆已经越过停止线，并且之后继续行驶通过路口，那么这种情况可能会被认定为闯红灯，即使红灯已经结束但信号灯未及时变换。因为闯红灯的认定是基于车辆在红灯期间的行驶行为，而不是信号灯的变换时间。不过，在实际操作中，如果车辆是在红灯刚结束时越过停止线并继续行驶，且没有造成交通拥堵或事故，交警可能会根据具体情况进行判断，不一定都会扣分。

4. 特殊情况：

   • 在某些特殊情况下，如因交通警察现场指挥与信号灯指示不一致，或者因避让执行紧急任务的警车、消防车、救护车、工程救险车等特殊车辆而越线停车，即使红灯已经结束但信号灯未及时变换，也可以向交警部门申请撤销相应的交通违法记录。

建议：

• 在驾驶过程中，应时刻注意观察交通信号灯的变化，确保在红灯期间停车等待，绿灯亮起后再继续行驶。
• 如果遇到红灯结束但信号灯未及时变换的情况，应保持冷静，不要急于行驶，以免造成不必要的交通违法或事故。
• 如果因特殊情况需要越线停车或避让特殊车辆，应及时保留相关证据，以便后续处理可能的交通违法记录问题。

总之，等红绿灯时红灯已经结束但灯没变，是否扣分取决于车辆的具体行驶情况。作为驾驶人，应严格遵守交通规则，确保行车安全。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。