结论前置：公司以车辆有违章为由不给审电子运单的行为，可能涉及违法，具体需结合实际情况判断，以下为你详细分析并给出应对建议。
违法性分析
- 从合同履行角度
- 如果公司与员工（假设是员工驾驶车辆）之间存在劳动合同或者相关运输服务合同，合同中明确约定了公司有审核电子运单的义务，且未将车辆违章作为不审核电子运单的合法理由，那么公司这种行为就属于不履行合同义务，违反了《民法典》中关于合同履行的规定。根据《民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
- 从行政管理角度
- 电子运单的审核通常与运输行业的行政管理规定相关。如果相关行政法规或规章明确要求公司必须对电子运单进行审核，且没有规定车辆违章可以作为不审核的合法事由，那么公司不审核电子运单的行为可能违反了行政管理规定，可能会面临行政处罚，如罚款等。
应对建议
- 与公司协商沟通
- 首先，你可以尝试与公司相关负责人进行友好沟通，明确指出公司的行为可能违反了合同约定或者相关行政管理规定。要求公司按照规定审核电子运单，并说明车辆违章与电子运单审核之间并没有直接的必然联系，不能因为车辆违章就拒绝审核电子运单。在沟通时，要注意保留好沟通记录，如聊天记录、通话录音等，以备后续需要。
- 向劳动监察部门投诉（如果是劳动关系）
- 如果与公司协商无果，且你与公司之间是劳动关系，你可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位违反劳动法律法规的行为进行查处。你需要向劳动监察部门提供相关证据，如劳动合同、工作证明、公司不审核电子运单的证据等，劳动监察部门会依法进行调查处理。
- 申请劳动仲裁（如果是劳动关系且涉及权益受损）
- 如果公司的不审核电子运单行为给你造成了经济损失，如影响你的工资收入、奖金等，你可以在知道或应当知道权益受损之日起一年内向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。在仲裁申请中，要明确你的仲裁请求，如要求公司支付因不审核电子运单造成的经济损失等，并提供相关证据支持你的主张。
- 向相关行业主管部门举报
- 如果公司的不审核电子运单行为违反了运输行业的行政管理规定，你可以向相关的行业主管部门，如交通运输管理部门进行举报。行业主管部门会根据具体情况对公司进行调查处理，维护运输市场的正常秩序。
如果你还有其他关于这方面法律问题的疑问，或者需要进一步的法律帮助，都可以直接向我咨询。