针对您提出的“工程款超付以后怎么走程序”的问题，以下是一个详细且条理清晰的解答方案：

一、确认超付原因和金额

首先，您需要细致审查导致工程款超付的具体原因。这可能是由于计算错误、合同变更未及时调整、沟通不畅或内部管理疏漏等多种因素造成的。同时，精确计算超付的具体金额，这是后续处理的基础和关键。

二、尝试双方协商解决

在确认超付情况后，如果双方关系良好且超付金额不是特别巨大，首选通过友好协商的方式解决。您可以与施工方沟通，要求其退还超付款项，或者协商将超付款项抵付其他应付款项。无论采取何种协商方式，都务必签订书面协议，明确退款或抵付的金额、时间、方式等细节，以避免后续纠纷。

三、收集证据并咨询法律意见

如果协商无果，或者您准备采取法律途径来解决问题，那么在此之前，您需要全面收集与超付相关的所有证据。这包括合同、付款记录、发票、往来函件等，这些证据将为您后续的法律行动提供有力支持。同时，及时咨询专业律师，了解自身权益、可能的法律途径及诉讼风险，以便做出更明智的决策。

四、采取法律途径解决

1. 发送催款函：在正式采取法律行动之前，您可以向施工方发送催款函，明确要求其退还款项，并告知逾期不退将采取的进一步措施。这既是一种正式的通知，也是为后续法律行动做铺垫。

2. 申请仲裁或提起诉讼：根据合同约定或法律规定，您可以选择向仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼。在此过程中，您需要准备充分的证据来支持自己的主张，并注意诉讼时效问题，确保在法定时间内提起诉讼。

五、考虑第三方机构调停或商事裁定

如果双方协商和法律途径都难以解决问题，您可以考虑寻求第三方机构的调停帮助。这些机构通常具有中立性和专业性，能够帮助双方找到合理的解决方案。另外，您也可以通过商事裁定机构进行裁定，以获取具有法律效力的裁决结果。

六、加强内部管理以防止类似问题再次发生

在处理完超付工程款问题后，您还需要加强内部管理，以防止类似问题再次发生。这包括完善工程款支付的审批流程、加强对财务人员的业务培训和风险意识教育等。通过这些措施，您可以提高内部管理的效率和准确性，降低超付等风险的发生概率。

注意事项：

• 在处理超付工程款问题时，务必保持冷静和理性，避免采取过激行为。
• 严格遵循法律程序和要求，不要试图通过非法手段解决问题。
• 妥善保管所有相关证据，确保其真实性和完整性，以备后续使用。

综上所述，处理超付工程款的问题需要综合考虑多种因素，并根据实际情况采取相应措施。在整个过程中，务必保持冷静和理性，遵循法律程序，以确保自身权益得到有效维护。