在留置期间如果发现证据不足，处理流程主要依据《中华人民共和国监察法》及其相关实施条例来进行。以下是对这一问题的详细解答：
首先，我们需要明确的是，监察机关在调查过程中，如果发现没有证据证明或者现有证据不足以证明被调查人存在违法犯罪行为，那么应当依法撤销案件。这是监察法实施条例第二百零六条明确规定的，它体现了程序法治的理念、实事求是的态度和公正执法的鲜明导向。
具体来说，当在留置期间发现证据不足时，处理流程可能包括以下几个步骤：
调查部门提出撤销案件意见：
- 在调查过程中，如果调查部门发现立案依据失实，或者没有证据证明存在违法犯罪行为，不应对被调查人追究法律责任的，应当及时终止调查，并提出撤销案件意见。
- 调查部门会制作《撤销案件意见书》等法律文书，并报批后作出处理。
案件审理部门提出撤销案件建议：
- 如果案件审理部门在审理过程中认为现有证据不足以证明被调查人存在违法犯罪行为，且通过退回补充调查仍无法达到证明标准的，应当提出撤销案件的建议。
- 案件审理部门会向调查部门反馈这一建议，由调查部门办理撤销案件手续。
检察机关的审查与处理：
- 如果监察机关将案件移送检察机关审查起诉，检察机关在审查过程中发现证据不足，可能会退回监察机关补充调查，或者自行补充侦查。
- 补充调查的期限是一个月，且最多两次。如果经过补充调查后，检察机关仍然认为证据不足，无法证明被调查人有罪，那么根据刑事诉讼法的规定，检察机关可能会作出不起诉的决定。
撤销案件的法律效果：
- 撤销案件是对调查活动合理而有效的终结，它体现了对被调查人合法权益的保护，避免了案件“久拖不决”或“强行定案”给被调查人造成的不必要损害。
- 同时，撤销案件也是监察机关依法履行职责、提高调查工作效率的重要体现。
在处理这类问题时，监察机关和检察机关都会严格遵循法定程序，确保案件处理的公正性和合法性。如果监察机关认为检察机关作出的不起诉决定有错误，还可以向其上一级检察机关提请复议，以进一步保障被调查人的合法权益。
综上所述，留置期间发现证据不足时，监察机关和检察机关会依据相关法律法规进行严谨、公正的处理，确保案件的合法性和公正性。