当您在打官司过程中发现对方公司已经注销，这确实会给案件的推进带来一定的复杂性和挑战。不过，别担心，我们可以根据不同情况采取相应的策略来维护您的合法权益。以下是对此问题的详细分析和建议：

一、了解公司注销的法律后果

1. 法人资格终止：公司注销意味着其法人资格的终止，即该公司在法律上不再存在。
2. 权利义务消灭：随着公司的注销，其原有的权利和义务也随之消灭。但这并不意味着您无法再追究相关责任，关键在于公司注销前的清算情况。

二、分析诉讼策略

1. 公司注销前依法清算的情况

• 对方公司以其清算后的剩余财产承担责任：

  • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第七十条，法人解散的，清算义务人应当及时组成清算组进行清算。若清算后有剩余财产，可要求以此承担法律责任。
  • 应对方法：查看公司清算报告，了解资产处置情况。若清算后有剩余财产，您可要求以此承担法律责任。

• 股东、实际控制人等特定情形下承担责任：

  • 法律依据：根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（二）》第十九条，若有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人在公司解散后，恶意处置公司财产给债权人造成损失，或者未经依法清算，以虚假的清算报告骗取公司登记机关办理法人注销登记，您可主张其对公司债务承担相应赔偿责任。
  • 应对方法：若发现违法行为导致您利益受损，可要求这些主体承担赔偿责任。

2. 公司未经依法清算即办理注销登记的情况

• 股东、发起人或者出资人承担责任：
  • 法律依据：根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第六十四条及《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（二）》第二十条第一款，公司未经清算即办理注销登记，导致公司无法进行清算，您可主张有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人对公司债务承担清偿责任。若股东或者第三人在公司登记机关办理注销登记时承诺对公司债务承担责任，您也可主张其承担相应民事责任。
  • 应对方法：继续诉讼，将被告变更为已注销公司的股东、发起人或者出资人，并要求其对公司债务承担清偿责任。

3. 公司注销后发现遗漏债务的情况

• 重新进行清算或要求相关主体承担责任：
  • 法律依据：参照上述关于公司清算和注销的相关法律法规。
  • 应对方法：申请重新对公司进行清算以清偿遗漏债务；若无法重新清算或相关主体存在过错，可要求其承担相应的赔偿责任。

三、其他建议

1. 向市场监管部门提出异议：

   • 在诉讼期间，市场登记主管机构通常不批准公司注销手续。您可向市场监管部门提出异议，请求暂停注销程序，以保障自身诉讼权益。

2. 申请财产保全：

   • 为确保自身利益不受侵害，您可向法院申请财产保全或其他诉讼保护措施，如冻结银行账户、查封财产等。

四、实际操作中的注意事项

• 及时收集证据：在发现对方公司注销后，应尽快收集相关证据，如公司清算报告、注销登记文件等，以支持您的诉讼主张。
• 咨询专业意见：由于公司注销后的法律责任承担问题较为复杂，建议您在处理过程中及时咨询专业律师（即我本人）的意见，以确保您的权益得到充分保障。

综上所述，当被告公司在诉讼期间注销时，您应根据公司的清算情况及具体法律规定选择合适的诉讼策略，并采取必要措施以维护自身合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。