关于纳税人清税证明不合法的情形，这通常与纳税人的税收违法行为以及税务机关的处理决定紧密相关。虽然直接针对“清税证明不合法”的具体情形可能并未在提供的参考信息中明确提及，但我们可以从税收违法行为的处理流程和税务机关的职责角度，来推断一些可能导致清税证明不合法的情形。

首先，我们需要明确的是，清税证明是税务机关对纳税人已缴清税款、滞纳金和罚款等税费的确认文件。如果纳税人的税收行为存在违法，且税务机关已经依法作出了处理决定，如《税务处理决定书》或《税务行政处罚决定书》，那么在这些决定未得到履行或存在争议的情况下，所开具的清税证明可能会被视为不合法或存在瑕疵。

具体来说，以下情形可能导致清税证明不合法：

1. 纳税人存在重大税收违法行为：

   • 如伪造、变造、隐匿、擅自销毁账簿、记账凭证，或者在账簿上多列支出或者不列、少列收入，进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款等。
   • 若这些违法行为被税务机关查实，并作出了相应的处理决定，但纳税人未在规定期限内履行缴清税款、滞纳金和罚款等义务，那么此时开具的清税证明将缺乏合法依据。

2. 税务机关处理决定存在争议或未生效：

   • 如果纳税人对税务机关的处理决定存在异议，并在法定期间内申请了行政复议或提起了行政诉讼，那么在复议或诉讼期间，原处理决定的效力处于待定状态。
   • 在此情况下，如果税务机关仍然开具了清税证明，而该证明所依据的处理决定最终被复议机关或法院撤销或变更，那么该清税证明也将被视为不合法。

3. 清税证明开具程序存在瑕疵：

   • 清税证明的开具应当遵循严格的程序规定，包括税务机关的审核、确认等环节。
   • 如果开具过程中存在程序瑕疵，如未经审核直接开具、开具内容与实际情况不符等，那么该清税证明也可能被视为不合法。

为了避免清税证明不合法的情况发生，纳税人应当严格遵守税收法律法规，如实申报纳税，及时缴清税款、滞纳金和罚款等税费。同时，税务机关也应当加强内部管理，确保清税证明的开具程序合法、内容准确无误。如果纳税人对清税证明的合法性存在疑问，可以向税务机关提出异议并申请复核处理。