结论：药店店员调店未盘点，3个月后是否可以赔偿，这主要取决于是否能够证明存在损失以及该损失与未盘点行为之间的因果关系，同时还需要考虑诉讼时效的问题。以下从几个方面进行详细分析：
一、损失证明与因果关系
损失的存在：
- 首先，需要证明由于店员调店时未进行盘点，导致药店遭受了实际的经济损失。这可能包括药品的丢失、损坏或过期等造成的直接经济损失。
- 损失的具体数额应当能够通过合理的计算方式得出，例如，通过对比盘点前后的库存记录，或者通过销售记录与进货记录的对比来估算。
因果关系：
- 其次，需要证明未盘点行为与损失之间存在直接的因果关系。即，如果进行了盘点，是否能够及时发现并防止损失的发生。
- 这可能需要提供相关的证据，如盘点制度、盘点记录（如果有的话）、损失发生的具体时间点与未盘点行为的时间关联等。
二、诉讼时效
一般规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着，从药店知道或应当知道其权利受到损害以及义务人之日起计算，三年内应当提起诉讼。
特殊情况：
- 如果药店在三年内未能发现损失或未能确定损失的具体数额，或者由于其他合理原因（如正在进行内部调查、等待相关证据等）而未能及时提起诉讼，可能会面临诉讼时效中止或中断的情况。但具体是否适用，需要根据实际情况和法律规定进行判断。
3个月后的诉讼可能性：
- 如果从店员调店未盘点之日起算，3个月后药店仍然可以提起诉讼，但前提是诉讼时效尚未届满，且药店能够证明损失的存在以及未盘点行为与损失之间的因果关系。
- 如果诉讼时效已经届满，药店将失去通过法律途径追偿的权利，除非存在诉讼时效中止或中断的法定情形。
三、建议与措施
及时盘点与记录：
- 药店应建立完善的盘点制度，确保每次店员调店或库存变动时都进行及时的盘点，并记录盘点结果。这有助于及时发现并防止损失的发生，同时也为后续的追偿提供了有力的证据。
保留相关证据：
- 药店应妥善保留与损失相关的所有证据，包括盘点记录、销售记录、进货记录、损失发生时的监控录像等。这些证据在后续的诉讼中将起到至关重要的作用。
咨询专业律师：
- 如果药店认为自身权益受到侵害，且不确定如何追偿或担心诉讼时效问题，应及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见，帮助药店制定合理的追偿策略。
最后，药店店员调店未盘点，3个月后是否可以赔偿，取决于多个因素的综合考量。药店应尽快评估自身情况，并采取相应的措施来维护自身权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。