结论：因施工单位违约，损失赔偿能否从尾款中扣除，需视具体情况而定，包括合同约定、违约性质、损失大小及双方协商情况等因素。以下从不同角度进行详细分析：

1. 合同约定优先：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的产物，具有法律约束力。若合同中明确约定了因施工单位违约，发包方有权从尾款中扣除相应损失赔偿，则该约定合法有效，发包方有权依据合同约定进行扣除。
   • 实际操作：在签订合同时，双方应明确约定违约责任及赔偿方式，包括是否可以从尾款中扣除损失赔偿。若合同中有此约定，则发包方在施工单位违约时，可直接依据合同扣除相应款项。

2. 违约性质与损失大小：

   • 违约性质：若施工单位的违约行为严重影响了工程进度、质量或安全，给发包方造成了重大损失，且该损失无法通过其他方式得到合理补偿，则发包方有权要求施工单位承担赔偿责任，并考虑从尾款中扣除。
   • 损失大小：发包方需证明其因施工单位违约所遭受的具体损失金额，且该损失金额应合理、合法。若损失金额超过尾款金额，发包方还可通过其他法律途径追偿。

3. 双方协商与法律程序：

   • 双方协商：在发生违约情况后，双方应首先尝试通过协商解决争议。若双方能够就损失赔偿及扣除尾款等事项达成一致意见，则可按照协商结果执行。
   • 法律程序：若双方无法协商一致，发包方可通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，法院或仲裁机构将根据合同约定、违约性质、损失大小等因素，综合判断发包方是否有权从尾款中扣除损失赔偿。

4. 注意事项：

   • 保留证据：发包方在要求施工单位承担赔偿责任并考虑从尾款中扣除时，应保留好相关证据，如合同、违约通知、损失证明等，以便在协商或法律程序中证明自己的主张。
   • 合法合规：发包方在扣除尾款时，应确保扣除行为合法合规，不得违反合同约定或法律法规的规定。否则，施工单位有权要求发包方返还被扣除的款项，并可能追究发包方的法律责任。

建议：在处理因施工单位违约导致的损失赔偿问题时，发包方应首先审查合同约定，了解双方的权利义务关系；其次，收集并保留好相关证据，证明施工单位的违约行为及给发包方造成的损失；最后，与施工单位进行协商，尝试达成一致意见；若协商无果，则可通过法律途径解决争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。