结论前置：在业主委员会依法依规存在的情况下，村委会通常无权直接作废业主委员会的公章。
详细分析：
业主委员会的法律地位：
- 业主委员会是由业主大会选举产生的，代表业主利益的组织，其职责包括管理物业、维护业主权益等。
- 业主委员会在依法成立后，即具有独立的法律地位，其公章是代表业主委员会行使职权的重要凭证。
村委会的权限：
- 村委会是农村基层群众性自治组织，负责处理本村的公共事务和公益事业。
- 村委会的权限主要限于本村范围内，且通常不涉及对业主委员会等城市社区组织的管理。
公章的作废条件：
- 公章的作废通常需要基于法律、法规的规定或相关组织的决定。
- 在没有法律、法规明确规定或业主委员会自身决定作废公章的情况下，任何外部组织（包括村委会）通常无权直接作废业主委员会的公章。
特殊情况下的处理：
- 如果业主委员会存在违法、违规行为，且该行为严重损害了业主利益或社会公共利益，相关部门（如房地产管理部门、街道办事处等）可能依法采取措施，包括撤销业主委员会或作废其公章。
- 但这种情况下，作废公章的决定应由具有相应权限的部门作出，而非村委会。
法律建议：
- 如果村委会试图作废业主委员会的公章，业主委员会可以首先与村委会进行沟通，明确告知其无权作废公章，并要求村委会停止相关行为。
- 如果沟通无果，业主委员会可以向相关部门（如房地产管理部门、街道办事处等）投诉或寻求法律帮助，以维护自身合法权益。
- 在处理此类纠纷时，业主委员会应保留好相关证据，如公章使用记录、与村委会的沟通记录等，以便在需要时提供证明。
可能法律后果：
- 如果村委会未经授权擅自作废业主委员会的公章，可能构成对业主委员会权益的侵害，业主委员会有权要求村委会承担相应的法律责任。
- 在极端情况下，如果村委会的行为导致业主委员会无法正常行使职权，给业主造成损失的，业主委员会还可以要求村委会赔偿损失。
综上所述，业主委员会在依法依规存在的情况下，其公章的作废应遵循法律、法规的规定或相关组织的决定，村委会通常无权直接作废。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。