在项目施工中挖出砂石，其处理方式必须严格遵循国家关于矿产资源管理、环境保护、土地管理及河道管理的相关法律法规，以确保开采活动的合法性、安全性和环保性。以下是对此问题的详细解答：
一、合法采挖的前提与流程
确认权属与申请许可：
- 施工单位在项目规划和筹备阶段，应首先确认挖出砂石的权属。若砂石属于国家所有，必须向当地自然资源、水利等相关部门提出采矿或河道采砂申请，并获取相应许可证。
- 申请时需提交详细的文件，包括项目概况、采挖地点、范围、数量、方式及防护措施等，以确保审批部门能够全面了解采挖计划。
遵守环保与安全规定：
- 在采挖过程中，必须严格按照许可规定的时间、地点、范围、数量和方式进行，避免超量开采和破坏生态。
- 施工单位应制定并执行详细的环保措施，如设置沉淀池、防尘设施等，以减少对周边环境的影响。同时，确保施工过程中的安全生产，防止事故发生。
合理利用与记录报告：
- 采挖出的砂石应尽可能用于工程建设中的回填、路基铺设等，避免浪费。若需外售或用于其他用途，需确保符合相关法律法规要求。
- 施工单位应做好采挖量的详细记录，并在采挖结束后及时向审批部门提交采挖情况报告，以便监管部门进行核查。
缴纳税费与费用：
- 根据法律法规要求，施工单位需缴纳因开采砂石而产生的税费或相关费用，如矿产资源补偿费、采矿权使用费等。
生态修复：
- 采挖结束后，施工单位应按规定对采挖区域进行生态修复，如回填、复绿等，确保生态环境得到有效保护。
二、违法采挖的法律责任
行政责任：
- 未经许可擅自采挖或违反许可规定采挖的，相关部门将责令停止违法行为，没收违法所得和非法采挖的砂石，并处以罚款。
- 对于严重违反许可规定的，发证机关有权吊销其许可证，并可能限制其未来参与相关项目的资格。
刑事责任：
- 若违法采挖情节严重，可能构成非法采矿罪。根据《中华人民共和国刑法》相关规定，将面临三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
民事责任：
- 违法采挖造成他人财产损失或生态环境破坏的，施工单位需承担相应的民事赔偿责任，包括经济赔偿和生态环境修复费用。
三、综合建议
重视法律合规性：
- 施工单位在处理工程施工中挖出的砂石时，务必重视法律合规性，确保所有行为均符合法律法规要求。
加强沟通咨询：
- 加强与相关部门的沟通咨询，及时了解政策动态和法规变化，确保采挖计划的合法性和可行性。
建立内部管理制度：
- 建立完善的内部管理制度和流程，确保采挖行为的规范性和透明度。对采挖过程进行全程监控和记录，以便监管部门进行核查。
寻求专业帮助：
- 遇到法律问题或纠纷时，及时寻求专业律师的帮助，以维护自身合法权益。律师可以提供专业的法律意见和解决方案，帮助施工单位应对复杂的法律环境。
通过遵循上述建议，施工单位可以确保在项目施工中挖出砂石的处理方式合法、合规，并有效维护国家矿产资源和生态环境的可持续发展。