在合作协议书中，扣除质保金条款可以按照以下要点进行撰写：

1. 明确质保金的比例与金额：

   • 条款中应清晰写明质保金占合作总金额的具体比例，例如“双方约定，质保金为合作总金额的5%”。
   • 同时，也可以直接规定质保金的具体金额，如“质保金为人民币XX万元”。

2. 规定质保金的支付时间与方式：

   • 明确质保金是在合作开始前、合作过程中还是合作结束后支付。
   • 规定支付方式，如银行转账、现金等，并注明收款账户信息（若适用）。

3. 阐述质保金的扣除条件：

   • 详细列出在何种情况下工厂有权扣除质保金，例如产品存在质量问题、未按时完成交付、违反合同约定等。
   • 对于每种扣除条件，应尽可能具体地描述，以便双方明确理解。

4. 说明质保金的扣除程序：

   • 规定在满足扣除条件时，工厂应如何通知合作方，并给出合理的异议期。
   • 明确扣除质保金的具体流程，包括扣除金额的计算方法、扣除后的通知义务等。

5. 约定质保金的退还条件与时间：

   • 规定在何种情况下质保金应予以退还，如产品无质量问题、合作顺利完成等。
   • 明确退还质保金的时间节点，如合作结束后XX日内退还。

6. 附加条款与争议解决：

   • 可以附加一些其他条款，如质保金不计利息、双方对质保金条款有争议时应如何解决等。
   • 明确争议解决方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等。

示例条款：

“双方约定，质保金为合作总金额的5%，即人民币XX万元。该质保金应在合作开始前由合作方支付至工厂指定账户。在合作过程中，如产品存在质量问题、未按时完成交付或违反合同约定等情形，工厂有权按照实际损失情况扣除相应金额的质保金。扣除前，工厂应书面通知合作方，并给出XX日的异议期。合作结束后，如产品无质量问题且合作顺利完成，工厂应在XX日内将剩余质保金退还至合作方指定账户。质保金不计利息。双方对质保金条款有争议时，应首先通过协商解决；协商不成的，可提交至XX仲裁委员会进行仲裁。”

在撰写扣除质保金条款时，务必确保条款内容合法、合规，并充分考虑双方的实际利益和风险承受能力。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。