结论：股东占百分之九十九股份并不意味着拥有绝对权，其权利行使仍需受到公司章程、股东会决议程序以及相关法律法规的约束。

详细分析：

1. 股东权利的基础：

   • 股东权利主要来源于其持有的股份比例，但这并不意味着大股东可以无视公司章程和其他股东的权益。在公司治理结构中，股东会、董事会和监事会等机构各司其职，共同维护公司的正常运营和股东的合法权益。

2. 公司章程的约束：

   • 公司章程是公司的“宪法”，它规定了公司的基本制度、股东的权利和义务、股东会的议事规则等。即使股东持有大量股份，也必须遵守公司章程的规定。例如，公司章程可能规定了某些重大事项需要全体股东一致同意或特定比例的股东同意才能通过，这时即使大股东持有百分之九十九的股份，也不能单方面决定这些事项。

3. 股东会决议程序：

   • 股东会决议的通过需要遵循一定的程序，包括会议的召集、通知、议事规则等。大股东不能仅凭其股份比例优势而绕过这些程序，强行通过决议。如果大股东试图这样做，其他股东可以依法提出异议，甚至诉诸法律手段维护自己的权益。

4. 相关法律法规的约束：

   • 除了公司章程外，大股东的权利行使还受到相关法律法规的约束。例如，《公司法》规定了股东的权利和义务、股东会的职权和议事规则等。大股东在行使权利时，必须遵守这些法律法规的规定，否则可能面临法律责任。

5. 少数股东的保护：

   • 在公司治理中，为了保护少数股东的权益，相关法律法规和公司章程通常规定了一些特殊机制，如累积投票制、异议股东回购请求权等。这些机制可以在一定程度上制约大股东的权力，防止其滥用优势地位损害其他股东的利益。

法律建议：

• 对于大股东而言，虽然持有大量股份，但在行使权利时仍需谨慎行事，遵守公司章程和相关法律法规的规定，尊重其他股东的权益和公司治理结构。
• 对于小股东而言，如果发现大股东滥用权力或违反公司章程和法律法规的规定，可以依法提出异议或采取其他法律手段维护自己的权益。

可能后果：

• 如果大股东违反公司章程或相关法律法规的规定行使权利，可能面临其他股东的异议、诉讼或监管机构的处罚等后果。这不仅会影响公司的正常运营和声誉，还可能对大股东自身的利益造成损害。

因此，股东占百分之九十九股份并不意味着拥有绝对权。在公司治理中，各方应共同遵守公司章程和相关法律法规的规定，维护公司的正常运营和股东的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。