关于《市场主体登记管理条例》第四十三条中“没收违法所得”的计算方式，需结合具体违法情形及违法所得的构成来确定，以下从不同角度进行分析：

1. 违法所得的基本构成

   • 定义：违法所得通常指行为人通过违法行为所获得的直接经济利益，包括但不限于销售收入、服务费用、投资回报等。在市场主体登记管理领域，违法所得可能涉及虚假登记、未依法办理变更登记等行为所获取的不当利益。
   • 计算原则：违法所得的计算应遵循“实际获取”原则，即仅计算行为人实际因违法行为而获得的净收益，扣除必要的成本支出（如原材料成本、运输费用等），但不得扣除与违法行为无关的支出或税收等法定负担。

2. 具体违法情形下的计算方式

   • 虚假登记情形：若行为人通过虚假材料或隐瞒真实情况获得市场主体登记，并因此开展经营活动获取收益，其违法所得应为其实际经营收入扣除合法成本后的净额。例如，若行为人通过虚假登记开设了一家公司，并因此获得了100万元的销售收入，扣除合法成本（如原材料、员工工资等）60万元后，其违法所得为40万元。
   • 未依法办理变更登记情形：若行为人未依法办理变更登记而继续开展经营活动，并因此获取收益，其违法所得的计算方式与虚假登记类似，即实际经营收入扣除合法成本后的净额。但需注意，若变更登记事项对经营活动的合法性或收益性无实质性影响，则可能不构成违法所得。

3. 特殊情形下的处理

   • 违法所得难以计算：在某些情况下，如行为人未建立完整的财务账目或故意隐瞒收入，导致违法所得难以准确计算时，行政机关可能根据违法行为的具体情节、社会危害程度等因素，依法作出合理的估量或裁定。
   • 没收与罚款的并用：根据《市场主体登记管理条例》及相关法律法规的规定，行政机关在没收违法所得的同时，还可能对行为人处以罚款等行政处罚。罚款的数额通常与违法行为的性质、情节及违法所得的数额等因素相关。

4. 法律建议

   • 合规经营：市场主体应严格遵守市场主体登记管理法律法规的规定，及时办理登记、变更等手续，确保经营活动的合法性。
   • 积极配合调查：若因违法行为受到行政机关的调查或处罚，市场主体应积极配合调查工作，如实提供相关证据材料，以便行政机关准确计算违法所得并作出合理的处罚决定。
   • 寻求法律帮助：若对违法所得的计算方式或行政处罚决定存在异议，市场主体可及时咨询专业律师或法律机构，了解自身权益及救济途径。

总结来说，《市场主体登记管理条例》第四十三条中“没收违法所得”的计算方式需结合具体违法情形及违法所得的构成来确定。市场主体应严格遵守相关法律法规的规定，确保经营活动的合法性，并在必要时寻求法律帮助以维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。