市自然资源和规划局仅与集体签订征地补偿款协议，其有效性需视具体情况而定，但通常来说，仅与集体签订协议可能存在法律风险，不一定完全有效。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 法律主体与程序要求：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，征地补偿款的支付通常涉及多个主体，包括被征地的农村集体经济组织、村民委员会、村民小组以及具体的被征地农户。市自然资源和规划局作为征地实施主体，在签订征地补偿款协议时，应确保协议内容符合法律法规要求，且协议签订程序合法。
   • 若仅与集体签订协议，而未充分考虑或涉及具体被征地农户的权益，可能因程序不合法或内容不完整而导致协议部分或全部无效。例如，如果协议未明确补偿款的具体分配方式，或者未获得被征地农户的同意，那么该协议可能因侵犯农户权益而被认定为无效。

2. 集体与农户的关系：

   • 农村集体经济组织作为集体土地的所有者，有权代表集体与征地实施主体签订征地补偿款协议。然而，这并不意味着集体可以完全代表农户的利益。农户作为集体土地的实际使用者，其权益应得到充分保障。
   • 如果市自然资源和规划局仅与集体签订协议，而未与农户进行充分沟通或未获得农户的同意，那么该协议可能因未充分考虑农户权益而引发纠纷。在这种情况下，农户有权要求重新协商或寻求法律救济。

3. 协议内容与实际执行：

   • 即使市自然资源和规划局与集体签订了征地补偿款协议，协议内容也需明确、具体，且符合法律法规要求。如果协议内容模糊、不明确，或者存在违法条款，那么该协议可能因内容不合法而被认定为无效。
   • 在实际执行过程中，如果市自然资源和规划局未按照协议约定支付补偿款，或者集体未按照协议约定将补偿款分配给农户，那么相关方可能面临法律责任。例如，市自然资源和规划局可能因违约而承担赔偿责任，集体可能因未履行分配义务而面临农户的诉讼。

4. 建议与措施：

   • 为确保征地补偿款协议的有效性，市自然资源和规划局在签订协议前应充分了解相关法律法规要求，确保协议内容合法、合规。
   • 市自然资源和规划局应与被征地的农村集体经济组织、村民委员会、村民小组以及具体的被征地农户进行充分沟通，确保协议内容得到各方认可。
   • 在协议签订后，市自然资源和规划局应严格按照协议约定支付补偿款，并监督集体将补偿款合理分配给农户。

总结来说，市自然资源和规划局仅与集体签订征地补偿款协议的有效性需视具体情况而定。为确保协议的有效性并避免法律风险，建议市自然资源和规划局在签订协议前充分了解相关法律法规要求，与各方进行充分沟通，并确保协议内容合法、合规且得到各方认可。如果你在征地拆迁方面遇到任何法律问题，可以直接向我咨询。