结论：挂靠公司法人绕开挂靠人与甲方私自结算工程尾款的行为，其合法性需根据具体情况判断，但通常情况下，这种行为可能构成违约或侵权，甚至可能涉及刑事犯罪，因此一般是不合法的。
分析：
合同关系角度：
- 在挂靠关系中，挂靠人与被挂靠公司（即挂靠公司）之间通常存在一份挂靠协议，该协议会明确双方的权利和义务，包括工程款的结算方式。
- 如果挂靠协议中明确规定了工程尾款的结算需经挂靠人同意或参与，那么挂靠公司法人绕开挂靠人私自结算的行为就违反了协议约定，构成违约。
代理关系角度：
- 在某些情况下，挂靠人可能以被挂靠公司的名义与甲方签订合同，此时挂靠人可能构成被挂靠公司的代理人。
- 如果挂靠人作为代理人与甲方签订的合同中，明确规定了工程尾款的结算方式或条件，且这些方式或条件需要挂靠人的参与或同意，那么挂靠公司法人绕开挂靠人私自结算的行为就可能违反了代理合同的约定，构成对挂靠人代理权的侵犯。
侵权责任角度：
- 无论挂靠协议或代理合同如何约定，挂靠公司法人绕开挂靠人私自结算工程尾款，都可能损害挂靠人的合法权益，如预期收益、商业信誉等。
- 在这种情况下，挂靠人可以依据《民法典》中关于侵权责任的规定，要求挂靠公司法人承担侵权责任，包括赔偿损失等。
刑事犯罪角度：
- 如果挂靠公司法人私自结算工程尾款的行为涉及伪造、变造合同、发票等文件，或者利用职务之便侵占公司财物，那么该行为就可能构成刑事犯罪，如合同诈骗罪、职务侵占罪等。
建议：
对于挂靠人：
- 首先应仔细审查挂靠协议或代理合同，明确双方的权利和义务，特别是关于工程尾款结算的约定。
- 如果发现挂靠公司法人有私自结算工程尾款的行为，应及时与挂靠公司沟通，要求其按照协议或合同约定进行结算。
- 如果沟通无果，可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益，如提起民事诉讼或向公安机关报案。
对于挂靠公司法人：
- 应严格遵守挂靠协议或代理合同的约定，不得私自结算工程尾款。
- 如果确实需要结算工程尾款，应提前与挂靠人沟通并取得其同意，或者按照协议或合同约定的方式进行结算。
- 如果因私自结算工程尾款而引发纠纷或法律责任，应积极配合相关部门进行调查和处理，并承担相应的法律责任。
后续行动：
- 如果您是挂靠人且遇到了此类问题，建议您收集相关证据（如挂靠协议、代理合同、结算凭证等），并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
- 如果您是挂靠公司法人且对此类行为的合法性有疑问，也建议您咨询专业律师以了解相关法律规定和可能面临的法律责任。