针对店长签署无照经营整改通知书后，对店长的处理方式，需根据具体情况进行综合分析，以下是一些可能的处理方向及法律建议：
店长是否知情并参与无照经营：
- 若店长知情并参与：店长作为店铺的管理者，若明知店铺存在无照经营行为而仍继续经营，并签署了整改通知书，那么店长可能面临行政处罚，如罚款、责令停业整顿等。在极端情况下，如果无照经营行为构成犯罪（如非法经营罪），店长还可能面临刑事责任。
- 法律建议：店长应立即停止无照经营行为，并积极配合相关部门的调查和处理。同时，店长应尽快办理相关证照，确保店铺合法经营。
店长是否被胁迫或误导签署整改通知书：
- 若店长被胁迫或误导：如果店长是在被胁迫、欺骗或误导的情况下签署了整改通知书，且能够提供充分证据证明这一点，那么店长可能不需要承担全部或部分责任。
- 法律建议：店长应尽快向相关部门说明情况，并提供相关证据。同时，店长可以考虑寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
店铺是否已采取整改措施：
- 若已采取整改措施：如果店长在签署整改通知书后，已经积极采取措施进行整改，如办理证照、停止违法行为等，那么相关部门可能会根据整改情况减轻或免除对店长的处罚。
- 法律建议：店长应保留好整改的相关证据，如办理证照的回执、停止违法行为的记录等，以便在需要时向相关部门展示。
店长在店铺中的角色和责任：
- 若店长仅为名义上的管理者：如果店长实际上并不参与店铺的经营和管理，只是名义上的管理者，且能够提供充分证据证明这一点，那么店长可能不需要承担与无照经营相关的责任。
- 法律建议：店长应尽快向相关部门说明自己的实际角色和责任，并提供相关证据。同时，店长可以考虑与店铺的实际经营者进行沟通，要求其承担相应的责任。
在处理此类问题时，还需注意以下几点：
- 及时沟通：店长应与相关部门保持及时沟通，了解整改要求和处罚情况，以便及时采取措施进行应对。
- 保留证据：店长应保留好与无照经营和整改相关的所有证据，以便在需要时进行展示和辩护。
- 寻求法律援助：如果店长对处理方式存在疑问或需要法律帮助，可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。
最后，需要强调的是，无照经营是违法行为，不仅会对店铺本身造成损失，还可能对店长个人带来严重的法律后果。因此，店长应严格遵守相关法律法规，确保店铺合法经营。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。