结论：担保人已还了三分之一贷款后，法院再冻结其账户是否合法，需根据具体情况判断，若冻结行为符合法定程序和条件，则是合法的；若不符合，则可能不合法。以下从多个角度进行分析：
一、法院冻结账户的法律依据
根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，法院在执行过程中，有权对被执行人的财产采取冻结、划拨等强制措施。这包括被执行人的银行存款、房产、车辆等财产。在担保人涉及债务纠纷，且债权人通过法律途径申请强制执行的情况下，法院有权对担保人的账户进行冻结，以确保债权人的合法权益得到实现。
二、担保人还款后账户仍被冻结的可能原因
未完全履行还款义务：
- 尽管担保人已经偿还了部分贷款，但如果尚未完全履行还款义务，即仍有剩余债务未清偿，债权人仍有权申请法院对担保人的财产采取强制措施，包括冻结账户。
存在其他债务或纠纷：
- 担保人可能除了当前涉及的债务外，还存在其他债务或纠纷。如果其他债权人也申请了强制执行，且担保人的财产不足以清偿所有债务，法院可能会根据执行顺序和债权比例等因素，对担保人的账户进行冻结。
法院执行程序的需要：
- 在某些情况下，即使担保人已经偿还了部分债务，法院也可能出于执行程序的需要，如确保剩余债务的顺利执行、防止担保人转移财产等，而对其账户进行冻结。
三、担保人如何应对账户被冻结
核实冻结原因：
- 担保人应首先向法院了解账户被冻结的具体原因，包括涉及哪笔债务、债权人是谁、冻结的法律依据等。
提供还款证明：
- 如果担保人已经偿还了部分或全部债务，应向法院提供相关的还款证明，如银行转账记录、收据等，以证明其已经履行了还款义务。
申请解冻：
- 在提供充分证据证明账户被冻结存在错误或不当的情况下，担保人可以向法院申请解冻账户。法院将根据实际情况进行审查，并作出相应决定。
寻求法律援助：
- 如果担保人对法院的冻结行为存在异议，或者认为自己的合法权益受到了侵害，可以寻求专业律师的法律援助，通过法律途径维护自己的权益。
四、法律建议
及时沟通：
- 担保人在还款过程中应与债权人保持及时沟通，确保还款信息的准确传递，避免因信息不对称而导致的误解或纠纷。
保留证据：
- 担保人在还款时应保留好相关证据，如还款凭证、转账记录等，以备不时之需。
遵守法律程序：
- 在涉及债务纠纷时，担保人应遵守法律程序，积极配合法院的执行工作，避免采取过激行为或逃避责任。
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