行政机关办案期限90天一般是不包含立案当日的，但具体还需根据案件实际情况和法律法规来确定。以下是对这一问题的详细分析：

1. 办案期限的起算：

   • 根据《中华人民共和国行政处罚法》第六十条的规定，行政机关应当自行政处罚案件立案之日起九十日内作出行政处罚决定。这里的“立案之日”指的是行政机关正式决定对某一案件进行调查处理的日期，通常不包含立案当日当天，而是从立案的次日起开始计算。

2. 办案期限的截止：

   • 办案期限的截止日期是立案之日起的第九十日。行政机关需在这一期限内完成案件的调查、取证、审查、决定等程序，并作出相应的行政处罚决定。若案件复杂或涉及特殊程序（如听证、鉴定等），办案期限可能会相应延长，但需经过法定程序批准。

3. 特殊情况下的办案期限：

   • 需要注意的是，虽然《行政处罚法》规定了九十日的办案期限，但某些特定类型的案件或特定法律法规可能对办案期限有特别规定。例如，《治安管理处罚法》中规定的办案期限就可能因案件类型而有所不同。因此，在具体案件中，还需结合相关法律法规来确定办案期限。

4. 超期办案的法律后果：

   • 若行政机关超过法定办案期限未作出行政处罚决定，可能面临法律后果。当事人有权以程序违法为由申请行政复议或提起行政诉讼，要求撤销或变更该行政处罚决定。此外，超期办案还会损害行政行为的公信力和权威性，影响行政机关的形象和声誉。

5. 实际应用建议：

   • 对于当事人而言，若对行政机关的办案期限有疑问或担忧，可以及时向行政机关咨询或要求其说明办案进度。若认为行政机关存在超期办案等违法行为，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。

举例说明： 假设某行政机关在2023年1月1日正式立案调查一起行政处罚案件，那么根据《行政处罚法》的规定，该机关应在2023年3月31日（立案之日起90日内）前作出行政处罚决定。若因案件复杂需要延长办案期限，则需经过法定程序批准，并告知当事人延长的期限和理由。

综上所述，行政机关办案期限90天一般不包含立案当日，但具体还需根据案件实际情况和法律法规来确定。若您对行政机关的办案期限有疑问或担忧，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律解答和建议。