核心结论：若村员不同意合格的人进农村集体经济组织，可通过沟通协商、依据组织章程处理、寻求上级部门指导或通过法律途径解决。以下是具体情况分析：

1. 沟通协商
   • 了解反对原因：首先，要积极与反对的村员进行沟通，了解他们不同意合格人员进入的具体原因。可能是因为对合格人员的某些情况存在误解，比如对其是否真正符合“合格”标准有疑问，或者担心新成员的加入会影响现有成员的利益分配等。通过耐心倾听和解释，消除他们的顾虑和误解，有可能达成共识，使合格人员顺利进入组织。
   • 组织座谈会：可以组织村员召开座谈会，让合格人员有机会向大家介绍自己的情况、加入组织的意愿和能为组织带来的贡献等。同时，也让反对的村员充分表达自己的想法和担忧，在公开透明的交流环境中，促进相互理解和信任，寻求解决问题的办法。
2. 依据组织章程处理
   • 审查加入程序：农村集体经济组织一般都有自己的章程，其中会明确规定成员加入的条件和程序。要仔细审查合格人员是否完全符合章程规定的加入条件，以及其加入过程是否遵循了正确的程序。如果合格人员的加入完全符合章程要求，那么可以向反对的村员说明情况，强调组织章程的权威性和约束力，要求他们遵守章程规定，接受合格人员加入。
   • 召开成员大会表决：如果沟通协商无法解决问题，可以按照组织章程的规定，召开成员大会对合格人员加入的事项进行表决。在表决过程中，要确保每个村员都有平等的表决权，表决程序合法合规。如果经过表决，合格人员获得了法定多数村员的同意，那么即使有部分村员反对，合格人员也可以依法依规加入农村集体经济组织。
3. 寻求上级部门指导
   • 向乡镇政府反映：如果农村集体经济组织内部无法解决村员反对合格人员加入的问题，可以向所在地的乡镇政府相关部门反映情况。乡镇政府作为基层政府，对农村集体经济组织有指导和监督的职责。他们可以了解事情的具体情况，依据相关法律法规和政策，对组织内部的处理方式进行指导和协调，帮助解决问题。
   • 请求农业主管部门介入：农业主管部门对农村集体经济组织的管理和发展具有专业指导和监管职能。如果问题较为复杂或涉及政策法规的理解和适用，可以请求农业主管部门介入调查和处理。他们可以从专业的角度分析问题，提供合理的解决方案，保障农村集体经济组织的正常运转和合格人员的合法权益。
4. 法律途径
   • 确认合法权益受损：如果反对村员的行为严重影响了合格人员加入农村集体经济组织，且导致其合法权益受到损害，比如因无法加入组织而遭受经济损失等，合格人员可以考虑通过法律途径维护自己的权益。
   • 提起民事诉讼：在这种情况下，合格人员可以向有管辖权的人民法院提起民事诉讼，要求反对的村员停止侵害、排除妨碍，并赔偿因侵权行为造成的损失。法院会根据相关法律法规和事实证据，对案件进行审理和判决，以维护公平正义和当事人的合法权益。