当取保候审的期限达到两年时，案件的处理方式主要依据《中华人民共和国刑事诉讼法》及其相关司法解释的规定。以下是对这一问题的详细解答：

一、法律规定与期限说明

首先，需要明确的是，根据《刑事诉讼法》第七十九条的规定，人民法院、人民检察院和公安机关对犯罪嫌疑人、被告人取保候审的最长期限不得超过十二个月。但这里存在一些特殊情况：

1. 侦查阶段延长：如果案件在取保候审期间被移送至审查起诉或审判阶段，那么取保候审的期限需要重新计算。这意味着，在某些复杂案件中，取保候审的期限可能会超过最初的十二个月，但并非无限制延长，而是会受到后续诉讼阶段的限制。

2. 特殊情形处理：对于可能判处十年以上有期徒刑等严重犯罪的案件，办案机关有权依法采取更严格的强制措施，如监视居住或逮捕，以确保诉讼的顺利进行。

二、期满后的常规处理流程

当取保候审的期限届满时，通常会有以下两种处理方式：

1. 解除取保候审：

   • 在法定期限届满后，执行机关（通常是公安机关）应在三日内书面通知决定机关（如检察院或法院）。
   • 决定机关收到通知后，会立即制作《解除取保候审决定书》和《退还保证金决定书》，并送达给被取保候审人。
   • 被取保候审人需在七日内到指定银行领取退还的保证金。

2. 变更强制措施：

   • 如果在取保候审期限届满前，办案机关发现了新的证据或案情变得重大复杂，他们有权依法将强制措施变更为监视居住或逮捕。
   • 在这种情况下，需要重新办理相关的法律手续，并告知当事人其新的权利义务。

三、后续司法程序衔接

取保候审期限的届满并不意味着案件的终结。根据案件的具体情况，后续可能会有以下处理：

1. 案件终结处理：

   • 如果经过调查取证，发现被取保候审人不构成犯罪或不应追究刑事责任，那么会立即解除取保候审。
   • 如果已经追究了刑事责任，并在判决生效后，会退还保证金。

2. 诉讼程序继续：

   • 取保候审期间并不影响案件的正常推进。
   • 即使取保候审期限届满，案件仍可能继续进行调查、审理等工作。

四、当事人权利保障措施

在取保候审期间及期满后，当事人享有以下权利保障措施：

1. 知情权保障：

   • 当事人有权要求办案机关说明其取保候审的状态及后续的处理程序。
   • 如果办案机关超期未处理，当事人可以向同级检察院申请监督。

2. 救济途径指引：

   • 如果当事人认为处理不当，可以向上级机关进行申诉。
   • 如果发现办案机关存在违法违纪行为，可以向纪检监察部门进行举报。

综上所述，取保候审过两年后案件的处理方式取决于多种因素，包括案件的具体情况、是否发现新证据、案情是否重大复杂等。因此，无法给出一个绝对的答案。但无论如何，当事人都应积极配合办案机关的工作，并了解自己的权利和义务，以便在必要时采取适当的救济措施。