当案件取保候审结束两年后，其处理方式主要取决于司法机关对案件的进一步审查和判断。以下是一个详细且有条理的处理流程说明：
一、取保候审期满后的常规处理
解除取保候审：
- 根据《刑事诉讼法》的相关规定，取保候审的最长期限通常不超过十二个月（特殊情况除外，如案件移送审查起诉或审判阶段取保候审期限需重新计算）。若取保候审已满两年，且在此期间未发生需要延长或变更强制措施的情况，执行机关应在法定期限届满后通知决定机关。
- 决定机关收到通知后，会制作《解除取保候审决定书》和《退还保证金决定书》（如已缴纳保证金），并送达被取保候审人。被取保候审人需在规定时间内到指定银行领取退还的保证金。
变更强制措施：
- 若在取保候审期间或期满前，办案机关发现新证据或案情重大复杂，可能依法将强制措施变更为监视居住或逮捕。但这种情况在取保候审已满两年时较为罕见，除非有新的犯罪事实或证据出现。
二、案件后续司法程序衔接
案件终结处理：
- 若经查证，被取保候审人不构成犯罪或不应追究刑事责任，办案机关会立即解除取保候审，并通知被取保候审人和相关单位。
- 若已追究刑事责任，并在判决生效后，保证金（如已缴纳）会予以退还。
诉讼程序继续：
- 取保候审期间并不影响案件的正常推进。即使取保候审期满，案件仍可能处于侦查、审查起诉或审判阶段。
- 被取保候审人需继续配合后续调查、审理工作，如提供必要协助、出席庭审等。
三、案件可能走向及法律后果
撤销案件：
- 若在取保候审期间或期满后，侦查机关发现犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或存在《刑事诉讼法》第十六条规定的情形（如情节显著轻微、危害不大；犯罪已过追诉时效期限等），应撤销案件。
移送审查起诉：
- 若侦查机关认为犯罪事实清楚，证据确实、充分，应追究刑事责任的，会将案件移送同级人民检察院审查决定。
- 人民检察院会根据审查情况作出起诉或不起诉决定。起诉后，案件进入审判阶段；不起诉决定则公开宣布，并退还保证金（如已缴纳）。
继续侦查：
- 若取保候审期限届满时，案件侦查尚未终结，可能需要继续侦查。此时，可能会变更强制措施（如监视居住）以保证诉讼程序顺利进行。
法院审判：
- 若案件被移送至法院并进入审判阶段，法院将听取控辩双方意见，根据证据和法律规定对案件进行审理，并作出判决。被取保候审人可能被定罪量刑，也可能被宣告无罪。
四、当事人权利保障与建议
知情权保障：
- 被取保候审人有权要求办案机关说明取保候审状态及后续处理程序。
- 对超期未处理的，可向同级检察院申请监督。
救济途径：
- 认为处理不当的可向上级机关申诉。
- 发现违法违纪行为的可向纪检监察部门举报。
专业咨询：
- 在整个过程中，咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助是至关重要的。律师可以根据案件具体情况提供针对性的辩护策略，维护当事人的合法权益。
总结与建议：取保候审结束两年后，案件的解决方式完全取决于司法机关对案件的审查和判断。被取保候审人应积极配合调查，尊重司法程序，并根据自身情况选择合适的辩护策略。同时，保持与办案机关的沟通，及时了解案件进展，并在必要时咨询专业律师以获取法律帮助。