占99%股份的股东，其责任主要依据《中华人民共和国公司法》的相关规定来确定，违规责任也需根据具体违规行为来判定，无法直接对应到某一条具体的法律条文，但我可以从几个常见角度为您分析可能涉及的责任：

1. 对公司债务的连带责任（特定情形下）：

   • 法律背景：虽然一般情况下，股东以其出资额为限对公司承担责任，但在某些特定情形下，如股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。这通常发生在股东与公司财产混同、业务混同或人员混同等情况下。
   • 具体情形：若占99%股份的股东存在上述滥用行为，导致公司无法清偿债务，债权人可以要求该股东对公司债务承担连带责任。
   • 法律依据：《公司法》第二十条第三款：“公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。”

2. 对其他股东的违约责任：

   • 法律背景：股东之间通常会签订股东协议或公司章程，约定各自的权利和义务。若占99%股份的股东违反了这些协议或章程中的规定，如未按时出资、未履行特定义务等，可能需要对其他股东承担违约责任。
   • 具体情形：例如，若股东协议中约定了股东需按比例出资，但占99%股份的股东未按时足额出资，则可能构成违约，需向其他股东承担违约责任。
   • 法律依据：主要依据股东协议或公司章程中的具体约定，以及《民法典》中关于合同违约的相关规定。

3. 对公司治理的违规责任：

   • 法律背景：占99%股份的股东在公司治理中通常具有绝对的控制权，但也需遵守公司治理的相关规定，如不得违规干预公司日常经营、不得违规处置公司资产等。
   • 具体情形：若该股东利用控制地位，违规干预公司经营，导致公司利益受损，可能需对公司承担赔偿责任。
   • 法律依据：《公司法》中关于公司治理、股东权利与义务的相关规定，以及《民法典》中关于侵权责任的相关规定。

4. 信息披露与合规责任：

   • 法律背景：对于上市公司或需接受监管的公司，股东还需遵守信息披露和合规的相关规定。
   • 具体情形：若占99%股份的股东作为实际控制人，未按规定履行信息披露义务或存在其他合规问题，可能需承担相应的法律责任。
   • 法律依据：《证券法》、《上市公司信息披露管理办法》等相关法律法规。

总结与建议：

占99%股份的股东的责任并非一成不变，而是根据其具体行为、公司类型及所处行业等因素综合确定。因此，无法直接对应到某一条具体的法律条文来判定其违规责任。若您作为该股东或公司其他相关方，担心存在违规行为或面临法律纠纷，建议详细梳理相关事实，咨询专业律师（即我，石秋律师，专注于经济纠纷、公司事务领域），以便更准确地评估法律风险并制定应对策略。