结论：协议中约定“五日内更改孩子的姓名否则协议作废”，实际超过一天更改的，协议内容是否还有效，需结合协议的具体条款、双方的真实意思表示以及相关法律规定来综合判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

从协议条款的严格解释角度

1. 若协议条款明确且无歧义：如果协议中明确规定了“五日内更改孩子的姓名，否则协议作废”，且该条款表述清晰、无歧义，那么从严格解释协议条款的角度出发，超过五天（即超过一天更改自然也包含在内）未更改孩子姓名的，可能触发协议作废的条款。此时，若双方没有其他补充协议或协商一致对原条款进行变更，协议可能会被视为作废。
2. 若协议条款存在歧义或可解释空间：如果协议条款的表述存在歧义，或者从上下文、交易习惯等方面可以解释出该条款并非绝对要求在五日内完成更改，而是给予了一定的宽限期或灵活性，那么超过一天更改可能并不必然导致协议作废。此时，需要结合双方的真实意思表示、协议的目的以及交易习惯等因素来综合判断。

从双方真实意思表示角度

1. 若双方均认可协议继续有效：即使超过了协议约定的五天期限，但如果双方通过实际行动（如继续履行协议中的其他条款）或明确表示（如书面或口头协议）认可协议继续有效，那么协议仍然具有法律效力。法律尊重当事人的真实意思表示，只要双方达成一致，就可以对原协议进行变更或补充。
2. 若一方主张协议作废，另一方反对：在这种情况下，需要依据协议的具体条款、双方的行为以及相关法律规定来综合判断。如果主张协议作废的一方能够证明超过期限未更改姓名是对方故意或重大过失导致的，且该行为严重影响了协议的目的实现，那么其主张可能会得到支持。但如果另一方能够证明存在不可抗力、意外事件等合理理由导致未能按时更改姓名，或者双方已经通过其他方式对原协议进行了变更或补充，那么协议可能仍然有效。

从相关法律规定角度

1. 合同自由原则：根据合同法的相关规定，当事人有权依法订立、变更、终止合同。只要协议的内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是有效的。因此，如果协议中的“五日内更改孩子的姓名否则协议作废”条款是双方真实意思表示，且不违反法律规定，那么该条款就是有效的。但有效并不意味着绝对不可变更或突破，还需要结合具体情况来判断。
2. 诚实信用原则：在履行合同过程中，当事人应当遵循诚实信用原则。如果一方因为轻微逾期（如超过一天）就主张协议作废，而另一方已经为履行协议付出了大量努力或成本，那么这种主张可能违背诚实信用原则。在这种情况下，法院或仲裁机构可能会根据具体情况对协议进行解释或调整，以维护公平和正义。

建议：

• 协商沟通：首先，建议双方进行协商沟通，尝试达成一致意见。如果双方都希望协议继续有效，可以通过签订补充协议的方式对原条款进行变更或补充。
• 寻求法律帮助：如果协商无果，或者一方坚持主张协议作废而另一方反对，建议寻求专业律师的法律帮助。律师可以根据具体情况分析协议的效力、双方的权利义务以及可能面临的法律后果，为当事人提供合理的法律建议。
• 注意证据收集：在处理此类纠纷时，注意收集相关证据（如协议文本、沟通记录、履行情况等），以便在需要时证明自己的主张。

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