核心结论：若要在合同中约定“两份不一样的合同，一份备案，以另一份为准”，需在合同中设置专门条款明确该意思表示，同时要注意条款的合法性、合理性以及可能存在的风险，以下为你详细阐述。

条款设置

1. 明确表述条款：在合同中专门设置一条款，清晰、准确地表明两份合同的关系以及以哪份合同为准。例如：“本合同双方各持一份，另有一份用于备案登记。备案合同与本合同内容不一致的，以本合同约定为准。”
2. 详细说明差异情况（可选）：如果可能，可以进一步说明出现不一致情况时的处理原则或具体差异内容。比如，对于一些关键条款，如价格、履行期限、违约责任等，明确若备案合同与本合同在这些方面有不同，以本合同的规定来执行。示例：“若备案合同中的价格条款与本合同价格条款不一致，以本合同中确定的价格为准；履行期限以本合同约定为准，备案合同中的履行期限约定无效；违约责任方面，本合同规定的违约责任承担方式和标准优先适用，备案合同相关违约责任条款不产生效力。”

合法性考量

1. 不违反法律法规强制性规定：所约定的内容不能违反法律、行政法规的强制性规定。例如，在一些涉及公共利益、国家安全等特殊领域的合同，可能存在对合同备案的特殊要求，此时不能通过约定排除备案合同的效力而违反相关规定。如果法律法规明确规定备案合同具有某种特定的法律效力，那么双方约定以另一份未备案合同为准的条款可能会被认定为无效。
2. 不损害第三方利益：该约定不能损害国家、集体或者第三人的利益。如果合同涉及第三方权益，如抵押合同涉及抵押权人的利益，那么双方约定以非备案合同为准可能会影响到抵押权人的权益，这种约定可能因损害第三方利益而无效。

合理性及风险防范

1. 合理性：从商业交易的角度来看，这种约定要具有合理性。例如，备案合同可能是为了满足某些行政管理的需要，而在实际商业运作中，双方可能基于更灵活、更符合双方利益的考虑制定了另一份合同。此时，要确保这种安排不会导致不公平的结果，否则可能会在合同履行过程中引发纠纷。
2. 风险防范
   • 证据保留：由于存在两份不一样的合同，为了防止在发生纠纷时对方否认以非备案合同为准的约定，双方应妥善保留好合同文本以及与合同签订、履行相关的所有证据，如邮件往来、聊天记录、会议纪要等，以证明双方的真实意思表示是以非备案合同为准。
   • 明确告知义务：如果合同涉及第三方，如担保人、合作伙伴等，在与第三方签订相关协议或进行交易时，应明确告知第三方两份合同的关系以及以哪份合同为准，避免第三方因不知情而遭受损失，同时也减少自身可能面临的法律风险。

在签订此类合同时，建议你根据具体的合同类型、交易背景和目的等因素，对合同条款进行细致的审查和设计。如果你还有其他疑问或需要进一步的帮助，可以直接向我咨询。