租房协议签字用盖章代替是合法的，但需分情况讨论。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律条款依据
《民法典》第四百九十条：当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
- 分析：此条款明确规定了合同成立的方式，包括签名、盖章或按指印。这意味着，在租房协议中，签字或盖章都是有效的合同成立方式，二者具有同等的法律效力。因此，用盖章代替签字是合法的。
《民法典》第六十一条：依照法律或者法人章程的规定，代表法人从事民事活动的负责人，为法人的法定代表人。法定代表人以法人名义从事的民事活动，其法律后果由法人承受。法人章程或者法人权力机构对法定代表人代表权的限制，不得对抗善意相对人。
- 分析：此条款说明了法定代表人的法律地位和其代表法人从事民事活动的法律后果。在租房协议中，如果是由法定代表人签字或盖章，均代表法人的行为，其法律后果由法人承受。因此，无论是签字还是盖章，只要是由法定代表人进行，都是合法的。
二、实际操作中的注意事项
个人租房协议：
- 签字：对于个人之间的租房协议，通常只需要双方签字即可成立。签字是确认合同内容并表示同意的一种方式。
- 盖章：如果个人有私章，也可以用盖章代替签字。但需要注意的是，私章的使用可能不如签字普遍，且在某些情况下可能引发争议（如私章被盗用等）。因此，在个人租房协议中，签字仍然是更为常见和推荐的方式。
公司或法人租房协议：
- 签字：公司或法人的法定代表人或授权代表可以在租房协议上签字，以表示公司或法人的同意。
- 盖章：公司或法人通常会有公章或合同专用章等，用于在正式文件上盖章。在租房协议中，盖章是确认合同内容并表示公司或法人同意的一种常见方式。由于公司或法人的行为通常需要通过盖章来确认其正式性和权威性，因此在公司或法人租房协议中，盖章可能更为普遍和重要。
三、可能引发的争议及解决建议
争议点：如果租房协议中只有盖章而没有签字，或者签字和盖章的主体不一致（如非法定代表人签字但盖了法人章），可能会引发关于合同效力的争议。
解决建议：
- 明确约定：在租房协议中明确约定合同成立的方式（如签字、盖章或二者兼具），以避免争议。
- 保留证据：无论是签字还是盖章，都应保留好相关证据（如签字样本、盖章记录等），以便在需要时证明合同的成立和效力。
- 及时咨询：如果对租房协议的效力或签订方式有疑问，应及时咨询专业律师，以确保自身权益得到保障。
总结：租房协议签字用盖章代替是合法的，但需根据具体情况（如个人租房还是公司租房、是否有明确约定等）来选择合适的方式。在签订租房协议时，建议明确约定合同成立的方式，并保留好相关证据，以避免可能的争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。