在办理兽药经营许可证时，若签订的劳动合同被认定为虚假合同，相关责任主体可能面临行政处罚，具体罚款金额及处罚措施需根据虚假合同的具体情形及造成的后果综合判定。以下从不同责任主体及处罚依据的角度展开分析：

1. 对企业的处罚
   根据《兽药管理条例》第五十六条，若企业通过提交虚假劳动合同等材料骗取兽药经营许可证，农业农村主管部门将依法撤销已颁发的许可证，并处以1万元以上3万元以下罚款；若企业因此导致严重后果（如引发动物疫情、造成重大经济损失等），罚款金额可能提升至3万元以上10万元以下。此外，企业可能被列入“严重违法失信名单”，影响后续经营资质申请及政府采购资格。

2. 对直接负责的主管人员和其他责任人员的处罚
   若虚假合同系企业管理人员或经办人故意伪造、提供，根据《兽药管理条例》第五十六条，农业农村主管部门可对直接负责的主管人员和其他直接责任人员处以5000元以上2万元以下罚款；若其行为构成犯罪（如伪造国家机关公文罪），将依法追究刑事责任。

3. 对劳动合同相对方的处罚
   若虚假合同涉及与第三方（如员工、合作方）串通伪造，第三方可能因参与欺诈行为面临行政处罚。例如，若员工明知合同虚假仍配合签署，可能被处以警告或罚款；若合作方通过虚假合同骗取企业财物，可能构成诈骗罪，需承担刑事责任。

关键判定因素：

• 虚假合同的具体内容（如虚构员工数量、资质、劳动关系等）；
  
• 虚假行为是否直接影响许可证的审批结果；
  
• 是否造成公共利益损害（如动物健康风险、市场秩序混乱等）。
  

建议：
若企业面临此类问题，应立即自查劳动合同的真实性，主动配合行政机关调查，并补充合法材料以减轻处罚；若已收到处罚决定，可在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律应对策略。