结论：公司之间依据合同缴纳给对方的保证金，在符合一定条件下，法院是可以冻结的。

分析说明：

1. 保证金性质与法院冻结的法律依据：

   • 保证金通常作为合同履行的一种担保方式，其性质可能因合同条款和具体情境而异，可能被视为合同债务的一部分或独立的担保物。
   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，法院有权根据当事人的申请或依职权，对被执行人的财产采取保全措施，包括冻结银行账户、查封财产等。这里的“财产”包括但不限于现金、存款、有价证券等。

2. 保证金可被冻结的条件：

   • 存在法律纠纷：通常，保证金被冻结的前提是存在相关的法律纠纷，如合同纠纷、债务纠纷等，且该纠纷已经进入诉讼或仲裁程序。
   • 法院裁定或决定：法院会根据当事人的申请或依职权，对保证金是否采取保全措施进行审查，并作出相应的裁定或决定。这通常涉及对案件事实、法律适用以及保证金与案件关联性的综合判断。
   • 保证金与案件有关联：保证金必须与正在进行的法律纠纷有直接关联，即它是作为该纠纷的一部分或担保而存在的。如果保证金与案件无关，法院通常不会对其采取保全措施。

3. 实际操作中的考虑因素：

   • 保证金的具体形式：保证金可能是现金、银行承兑汇票、保函等形式。不同形式的保证金在冻结时的操作方式和难度可能有所不同。
   • 合同条款的约定：合同中可能对保证金的性质、用途、返还条件等有明确约定。这些约定可能影响法院对保证金是否采取保全措施的判断。
   • 双方当事人的态度：如果双方当事人对保证金的冻结问题存在争议，法院可能需要进一步审查相关证据和事实，以作出公正的裁决。

法律建议：

• 如果您作为公司一方，担心保证金被冻结，建议在合同中明确保证金的性质、用途和返还条件，并尽可能选择不易被冻结的保证金形式（如保函）。
• 如果保证金已经被冻结，且您认为冻结行为不当或存在争议，可以及时向法院提出异议，并提供相关证据和法律依据支持您的观点。
• 在处理涉及保证金的法律纠纷时，建议咨询专业律师的意见，以确保您的权益得到充分保护。

后续行动指引：

• 如果您有具体的法律纠纷或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和解决方案。