结论前置：借款合同因借款用于违法用途而被认定无效后，本金一般能够收回，但具体处理方式需根据案件的具体情况和法律规定来确定。以下从多个角度为您详细分析：
法律依据与原则
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当民事法律行为（包括借款合同）被认定为无效、被撤销或确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产应当予以返还。若不能返还或没有必要返还，则应当折价补偿。这一规定为借款合同无效时本金的返还提供了明确的法律依据。在借款合同无效的情境下，借款人基于合同取得的本金属于不当得利，应恢复至合同签订前的状态，即遵循“恢复原状”的原则。
特殊情况与处理
出借人过错：
- 若出借人在借款过程中存在过错，如明知借款人将借款用于违法活动仍出借，这可能会影响本金返还的比例或方式。法院可能会根据双方的过错程度，判决借款人部分返还或按一定比例返还本金。例如，如果出借人明知借款人借款用于赌博仍出借，且借款人因此遭受了损失，法院可能会酌情减少出借人应返还的本金数额。
本金使用情况：
- 如果借款本金已被借款人用于合法的生产经营活动，并产生了收益，那么在返还本金时，可能需要考虑这些收益的分配问题。但在此案例中，由于借款用途违法，产生的收益可能也会被视为非法所得而予以没收，但这并不影响本金的返还。不过，如果借款人能证明部分本金未用于违法活动，而是用于了合法用途，那么这部分本金应全额返还。
无法原物返还：
- 在某些特殊情况下，如本金已不存在或无法原物返还（例如，借款已被借款人挥霍一空），借款人应折价补偿出借人。折价补偿的具体数额应根据双方协商或法院裁决来确定，通常会考虑借款时的市场价值、借款期限、利息等因素。
实践操作建议
- 在实践中，返还本金的方式可以灵活多样，既可以是一次性返还全部本金，也可以根据具体情况分期返还。无论采取何种方式，都应以确保出借人的合法权益为出发点，并遵循法律法规的规定。
- 如果双方对本金返还存在争议，建议通过协商、调解或诉讼等方式解决。在诉讼过程中，法院会根据双方提供的证据和法律规定，作出公正的裁决。
可能的法律后果
- 如果借款人拒绝返还本金，出借人可以向法院提起诉讼，要求借款人返还本金及可能产生的利息（如果法院认定利息部分合法且应返还）。
- 如果借款人因借款用于违法活动而遭受了损失，且出借人存在过错，借款人还可以向法院提起反诉，要求出借人赔偿损失。但这一请求是否得到支持，需根据具体情况和法律规定来判断。
总结与建议：借款合同因借款用于违法用途而被认定无效后，本金一般能够收回。但具体处理方式需根据案件的具体情况、双方的过错程度以及法律规定来确定。如果您在此类问题上遇到困惑或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。