结论：在母公司被判决停止侵权的情况下，若分公司同样实施了侵权行为，理论上可以执行分公司停止侵权，但具体是否可行需结合实际情况判断。

分析：

1. 分公司与母公司的法律关系：

   • 分公司作为母公司的分支机构，不具有独立的法人资格，其民事责任由母公司承担。但这并不意味着分公司不能作为独立的诉讼主体或被执行主体，在特定情况下，分公司可以以其管理的财产承担责任。

2. 侵权行为的独立性：

   • 若分公司独立实施了侵权行为，且该行为与母公司的侵权行为无直接关联（即非共同侵权或帮助侵权），则分公司应独立承担停止侵权的责任。
   • 若分公司的侵权行为是母公司侵权行为的一部分或受母公司指示实施，则母公司的停止侵权判决可能间接涵盖分公司，但直接执行分公司仍需基于分公司自身的侵权行为。

3. 执行程序的可行性：

   • 直接执行分公司：若分公司有独立的财产或业务，且法院认为执行分公司是必要且有效的，可以裁定直接执行分公司停止侵权。这通常需要证明分公司有足够的财产来承担停止侵权的费用，且执行分公司不会损害其他债权人的利益。
   • 通过母公司执行：在大多数情况下，由于分公司不具有独立法人资格，法院可能更倾向于通过母公司来执行停止侵权的判决。母公司作为分公司的上级机构，有责任确保分公司遵守法律判决。

4. 实际操作中的考虑因素：

   • 证据收集：要执行分公司停止侵权，首先需要收集充分证据证明分公司实施了侵权行为。
   • 法院裁定：最终是否执行分公司停止侵权，需由法院根据具体情况作出裁定。法院会考虑分公司的财产状况、侵权行为的严重性、执行效果等因素。
   • 执行难度：执行分公司可能面临更多实际操作上的困难，如分公司财产分散、管理复杂等。

建议：

• 收集证据：首先收集充分证据证明分公司实施了侵权行为，这是执行的前提。
• 咨询法院：在准备执行前，咨询负责案件的法院，了解执行分公司的具体程序和要求。
• 考虑综合策略：根据实际情况，考虑同时通过母公司和分公司执行停止侵权，以增加执行的成功率和效果。

后续行动：

• 若您需要进一步了解如何收集证据、准备执行材料或咨询法院，可以直接向我提问，我将根据您的具体情况提供详细建议。