最终结算建议签订书面协议，主要原因如下：

一、法律层面：明确双方权利义务，避免纠纷

根据《民法典》及相关司法解释，合同双方的权利义务应当明确约定。在建设工程领域，最终结算涉及工程价款、质量保证金、工期延误责任等核心条款，若未通过书面协议固定，双方可能因理解差异或记忆模糊产生争议。例如：

1. 价款争议：若口头约定与实际履行不符（如工程量增减未书面确认），一方可能主张按实际完成量结算，另一方则坚持按合同原条款执行，导致诉讼风险。
2. 责任划分：未书面约定质量保修期、违约责任等条款，发包方可能以质量问题拒付尾款，承包方则可能因缺乏证据难以维权。

建议：在最终结算时，双方应签订书面协议，明确结算金额、支付方式、支付时间、质量保修条款等核心内容，并附上结算清单作为附件，确保条款清晰、无歧义。

二、实务层面：固定证据，降低维权成本

在建设工程纠纷中，书面协议是证明双方合意的关键证据。若未签订书面协议，一方需通过其他证据（如聊天记录、邮件、会议纪要等）证明结算内容，但此类证据可能因真实性、完整性不足被法院排除，导致维权失败。例如：

1. 证据效力：书面协议的证明力通常高于其他证据，法院可直接依据协议内容裁判。
2. 举证责任：若未签订书面协议，主张结算金额的一方需承担更重的举证责任，若无法提供充分证据，可能承担不利后果。

建议：在签订书面协议时，双方应签字盖章，并保留协议原件及结算清单等附件。若通过电子方式签订，建议使用可信时间戳、电子签名等技术固定证据，确保协议的真实性和完整性。

三、风险防控：预防潜在纠纷，维护合作关系

最终结算协议不仅是结算依据，也是双方合作关系的“终局性”文件。通过书面协议明确结算内容，可避免因口头约定模糊导致的后续纠纷，维护双方长期合作关系。例如：

1. 避免二次争议：若结算后发现遗漏项目或计算错误，双方可通过补充协议修正，避免因口头协商再次产生争议。
2. 促进合作信任：书面协议体现了双方对结算结果的认可，有助于增强合作信任，为未来合作奠定基础。

建议：在签订最终结算协议前，双方应仔细核对结算金额、项目清单等内容，确保无遗漏或错误。若涉及复杂项目，可委托第三方审计机构进行审计，确保结算结果的公正性和准确性。

四、特殊情形：未签订书面协议的补救措施

若因特殊原因未签订书面最终结算协议，双方可通过以下方式补救：

1. 补充协议：双方可签订补充协议，对结算内容进行书面确认。
2. 其他证据：若无法签订补充协议，一方可通过聊天记录、邮件、会议纪要等证据证明结算内容，但需确保证据的真实性、完整性和关联性。
3. 行业惯例：在建设工程领域，部分行业惯例（如定额计价、市场价等）可作为结算参考，但需双方认可且不违反法律法规强制性规定。

建议：若未签订书面协议，一方应尽快收集相关证据，并与对方协商补签协议或通过其他方式固定结算内容。若协商无果，可咨询专业律师，通过法律途径维护自身权益。

总结：最终结算签订书面协议是防范风险、明确权利义务、维护合作关系的有效方式。若您在最终结算过程中遇到任何问题，可直接向我咨询，我将结合具体案情为您提供专业建议。