关于变速箱改装是否合法的问题，这主要取决于改装的具体内容、改装场所的资质以及是否遵守了相关的法律法规。

首先，我们要明确的是，单纯的变速箱维修或更换，如果是在具备相应资质的汽修店进行，并且符合车辆原厂的技术标准和安全要求，那么这种行为通常是合法的。然而，如果涉及到对变速箱进行非原厂的改装，比如改变其传动比、增加额外的功能等，这就需要特别谨慎了。

从您提供的参考信息中，我们可以看到，一家备案经营范围仅为“汽车润滑与养护”的三类汽修店，因为超范围从事汽车变速器维修作业而被查处。这说明，汽修店必须严格按照其备案的经营范围和类别开展业务。如果汽修店没有相应的资质和备案，却进行变速箱的改装或维修，那么这种行为就是违法的。

此外，即使汽修店有相应的资质，进行变速箱改装时也必须遵守相关的法律法规和安全标准。比如，改装后的变速箱必须通过相关的安全检测和认证，确保不会对车辆的安全性和稳定性造成影响。

对于车主来说，如果想要对变速箱进行改装，我建议：

1. 选择具备相应资质的汽修店：确保汽修店有进行变速箱改装或维修的合法资质和备案。

2. 了解改装的具体内容和风险：在改装前，与汽修店详细沟通改装的具体内容、可能带来的风险以及后续的维护和保养问题。

3. 遵守相关法律法规：确保改装行为符合当地的法律法规和安全标准，避免因为违法改装而面临处罚或安全隐患。

综上所述，变速箱改装是否合法取决于多种因素，包括改装的具体内容、汽修店的资质以及是否遵守了相关的法律法规。因此，在进行变速箱改装前，车主应该充分了解相关信息，并选择具备合法资质的汽修店进行改装。