行政机关在特定情形下可以在行政诉讼中作为第三人。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国行政诉讼法》第二十九条的规定：“公民、法人或者其他组织同被诉行政行为有利害关系但没有提起诉讼，或者同案件处理结果有利害关系的，可以作为第三人申请参加诉讼，或者由人民法院通知参加诉讼。”这一条款为行政机关作为第三人参与行政诉讼提供了明确的法律依据。
二、行政机关作为第三人的常见情形
行政机关与非行政机关共同作出决定：
- 当行政机关与非行政机关组织（如事业单位、社会团体等）共同作出处理决定，并因此引发行政诉讼时，非行政机关组织可以作为第三人参与诉讼。同时，若该处理决定涉及多个行政机关的共同行为，且未被起诉的其他行政机关与案件处理结果有利害关系，它们也可以作为第三人参与诉讼。
行政复议改变原行政行为：
- 在行政复议程序中，若复议机关改变了原行政行为，原行政行为的作出机关（即原行政机关）与复议结果存在法律上的牵连关系。此时，若复议结果被起诉至法院，原行政机关可以作为第三人参与诉讼，以维护其程序正当性和合法权益。
相互矛盾的具体行政行为：
- 当两个或多个行政机关针对同一事项作出相互矛盾的具体行政行为时，若其中一个行政机关的行为被起诉至法院，其他行政机关可能因与案件处理结果有利害关系而作为第三人参与诉讼。例如，在土地确权案件中，若两个行政机关分别作出了相互矛盾的确权决定，且其中一个决定被起诉，则另一个行政机关可以作为第三人参与诉讼。
三、行政机关作为第三人的意义
保障合法权益：
- 行政机关作为第三人参与诉讼，可以确保其合法权益在诉讼过程中得到充分保障。通过参与诉讼，行政机关可以提出自己的主张和证据，防止因他人之间的诉讼而遭受不必要的损失。
查明案件事实：
- 行政机关作为第三人参与诉讼，有助于人民法院全面、客观地审查案件事实。行政机关作为行政行为的作出者，对案件事实的了解通常更为深入和全面。其参与诉讼可以提供更多有价值的证据和信息，有助于人民法院作出公正的裁决。
提高诉讼效率：
- 将与被诉行政行为有利害关系的行政机关纳入诉讼程序，可以避免重复诉讼和矛盾判决的产生。通过一次诉讼解决多个相关争议，可以提高诉讼效率，节约司法资源。
四、实际案例
以行政复议改变原行政行为为例，假设某行政机关对某企业作出了行政处罚决定，企业不服并申请行政复议。复议机关审查后认为原处罚决定过轻，遂作出了加重处罚的复议决定。企业仍不服并提起行政诉讼。在此情形下，原行政机关（即作出原处罚决定的行政机关）可以作为第三人参与诉讼，以维护其程序正当性和合法权益。
总结与建议：行政机关在特定情形下确实可以在行政诉讼中作为第三人。若您遇到相关情况或对此有进一步疑问，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。