若招标文件中的实质性条款存在问题，可采取以下措施：

1. 及时提出异议
   根据《招标投标法》及相关实施条例，投标人或其他利害关系人若认为招标文件中的实质性条款存在违法违规、歧视性内容或与项目需求不符等问题，应在投标截止时间前以书面形式向招标人提出异议。异议内容需明确指出条款问题及法律依据，并要求招标人予以澄清或修改。招标人应在收到异议后3日内作出答复，逾期未答复或答复不合理的，可进一步向行政监督部门投诉。

2. 申请行政监督部门介入
   若招标人未依法处理异议，或投标人认为招标人的答复仍存在违法情形，可向项目所在地的行政监督部门（如发改委、住建部门等）投诉。投诉时需提交书面材料，包括异议处理情况、招标文件问题说明及证据材料。行政监督部门将依法调查并作出处理决定，必要时可责令招标人暂停招标活动或修改招标文件。

3. 评估法律风险并决定是否参与投标
   若实质性条款问题未在投标截止前解决，投标人需综合评估法律风险：

   • 若条款明显违法（如设置不合理资格条件、限制竞争等），参与投标可能面临中标无效、行政处罚等风险，建议谨慎参与；
     
   • 若条款存在歧义或瑕疵，可通过书面方式向招标人提出澄清请求，并保留相关沟通记录，以降低后续争议风险。

4. 后续救济途径
   若因招标文件问题导致中标结果受损，投标人可在知道或应当知道权益受损之日起10日内向行政监督部门投诉，或依法向人民法院提起诉讼，主张撤销中标结果或赔偿损失。

建议：招标文件实质性条款问题涉及法律合规性，建议投标人在发现后立即通过书面形式固定证据，并依据法定程序主张权利。若需进一步分析条款合法性或制定应对策略，可直接向我咨询。