结论：国有企业工作人员持有农商行自然人股权是否违规，需结合具体身份、持股方式、审批程序及行业监管要求综合判断，可能存在合规与违规两种情形。以下分情况详细说明：
一、可能合规的情形
非关键岗位人员且履行审批程序
若该工作人员非国有企业领导人员（如非班子成员、非财务/采购等关键岗位），且持股行为已按《国有企业领导人员廉洁从业若干规定》及单位内部制度履行审批程序（如向单位纪委报备、经党委会议审议等），通常不构成违规。
法律依据：根据《国有企业领导人员廉洁从业若干规定》第5条，领导人员不得“违反规定投资入股”，但未禁止普通员工持股，前提是程序合规。
通过合法继承或市场交易取得股权
若股权系通过继承、婚姻财产分割或二级市场公开交易取得（如农商行定向增发、老股转让），且未利用职务便利谋取利益，一般属于合法财产处置行为。
例外情形：若交易对手方为该工作人员的职务关联方（如业务合作企业），可能涉嫌利益输送，需进一步审查交易对价是否公允。
二、可能违规的情形
违反“禁止兼职取酬”规定
若该工作人员同时担任农商行董事、监事或高级管理人员，且未按规定向国有企业报备或审批，可能违反《公务员法》第59条（若为公务员）或《企业国有资产法》第25条（若为国企管理人员）中关于“兼职限制”的规定。
典型表现：未履行“双重任职”审批程序，或领取农商行薪酬、奖金等额外利益。
利用职务便利谋取股权
若通过职务影响力（如干预农商行贷款审批、项目招标）换取股权，或以明显低于市场价的价格购入股权，可能构成《刑法》第163条“非国家工作人员受贿罪”或第385条“受贿罪”（若具国家工作人员身份）。
关键证据：需证明股权获取与职务行为存在直接因果关系，如交易时间与职务行为时间重合、对价显著不合理等。
违反金融行业监管要求
若农商行章程或银保监会规定禁止特定主体持股（如限制公务员持股），或要求持股比例超过5%时需审批，而该工作人员未履行相关程序，可能面临行政处罚或股权强制处置。
实务案例：部分农商行章程明确“国家公职人员不得成为股东”，此类情况下持股直接违规。
三、实务建议
如需进一步分析具体情形，可直接向我提供更多细节（如岗位性质、持股比例、审批文件等），我将结合最新法规及司法实践为您详细解答。